Dear David and Justin,<br /><br />The SWM4-NDP force field was downloaded from virtualchemistry correct, but the non-polarisable version of the OH(with virtual sites) is not available, to the best of my knowledge. <br /><br />The section that describes the 1 a.m.u mass at the virtual site is available in the supporting material of the paper by Wolf et al. I will ask Wolf et al. and try to obtain the topology directly from the authour(s).<br /><br />Thanks for your assistance!<br /><br />Regards,<br />Kester
                                        <p><br></p>
                                        <p><br></p>
                                        <p><br></p>
                                        <div style="margin-top:30px;margin-left:0.8em;font-size:12px;font-family:돋움,arial;color:#0066CC;font-weight: bold;">--------- 원본 메일 ---------</div><blockquote style="font-size:12px;border-left-style:solid;border-left-width:2px;margin-bottom:0pt;margin-left:0.8em;margin-right:0pt;margin-top:0pt;padding-left:1em;"><div style="font-family:arial,돋움;line-height:1.5"><b>보낸사람</b> : Justin Lemkul &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br><b>받는사람</b> :  &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><b>받은날짜</b> : 2014년 10월 29일(수) 22:14:12<br><b>제목</b> : Re: [gmx-users] Assigning mass to a virtual site<br><!-- original content --><div style="margin-top:5px;"><pre>
On 10/29/14 9:00 AM, David van der Spoel wrote:
&gt; On 2014-10-29 13:19, Justin Lemkul wrote:
&gt;&gt;
&gt;&gt;
&gt;&gt; On 10/29/14 6:32 AM, Kester Wong wrote:
&gt;&gt;&gt; Dear all,
&gt;&gt;&gt;
&gt;&gt;&gt;
&gt;&gt;&gt; I am creating a topology file for hydroxide, closely following the
&gt;&gt;&gt; parameters
&gt;&gt;&gt; from the paper by Wolf et al:
&gt;&gt;&gt;
&gt;&gt;&gt; http://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2014.04.062
&gt;&gt;&gt;
&gt;&gt;&gt;
&gt;&gt;&gt; This is somewhat similar to the polarisable hydroxide topology that
&gt;&gt;&gt; was included
&gt;&gt;&gt; in the recent SWM4-NDP force field.
&gt;&gt;&gt;
&gt;&gt;&gt;
&gt;&gt;&gt; In this non-polarisable topology, I would like to know what atomic
&gt;&gt;&gt; number should
&gt;&gt;&gt; one label for the OH-OV2 type atom, as it was defined as a virtual
&gt;&gt;&gt; site (but
&gt;&gt;&gt; with 1 a.m.u assigned) in the paper's supporting material. I have
&gt;&gt;&gt; labeled the
&gt;&gt;&gt; atomic number with "X" as below:
&gt;&gt;&gt;
&gt;&gt;&gt;
&gt;&gt;&gt; [ atomtypes ]
&gt;&gt;&gt;
&gt;&gt;&gt; ;name   at.num  mass    charge  ptype   sigma   epsilon
&gt;&gt;&gt;
&gt;&gt;&gt; OH-O    8       11.9980         -1.32   A       0.00            0.00
&gt;&gt;&gt;
&gt;&gt;&gt; OH-H    1       1.00800          0.00   A       0.14            0.2150576
&gt;&gt;&gt;
&gt;&gt;&gt; OH-OV1  0       0.00000          0.00   D       0.2916          0.2150576
&gt;&gt;&gt;
&gt;&gt;&gt; OH-OV2  X       1.00000          0.00   A       0.25            0.2150576
&gt;&gt;&gt;
&gt;&gt;&gt; OH-qH   0       0.00000          0.32   D       0.00            0.00
&gt;&gt;&gt;
&gt;&gt;&gt;
&gt;&gt;&gt; Can an atom (ptype=A) have zero at.num?
&gt;&gt;&gt;
&gt;&gt;
&gt;&gt; I would suggest you simply ask the authors to provide you with their
&gt;&gt; topology. There are several details that are unclear to me, and I do not
&gt;&gt; see anything that says the V1 or V2 sites carry any mass.  Maybe I
&gt;&gt; missed it due to a quick read-through, but this is in any case a very
&gt;&gt; tricky setup.  Don't reinvent the wheel; get the information straight
&gt;&gt; from the people that did it.
&gt;&gt;
&gt;&gt; -Justin
&gt;&gt;
&gt; The topology is correct as downloaded from virtualchemistry.org.
&gt;

Good to know.  I was afraid the OP was taking the hard way out and trying to do 
something from scratch that wasn't necessary :)

-Justin

-- 
==================================================

Justin A. Lemkul, Ph.D.
Ruth L. Kirschstein NRSA Postdoctoral Fellow

Department of Pharmaceutical Sciences
School of Pharmacy
Health Sciences Facility II, Room 629
University of Maryland, Baltimore
20 Penn St.
Baltimore, MD 21201

jalemkul@outerbanks.umaryland.edu | (410) 706-7441
http://mackerell.umaryland.edu/~jalemkul

==================================================
-- 
Gromacs Users mailing list

* Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List before posting!

* Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists

* For (un)subscribe requests visit
https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users or send a mail to gmx-users-request@gromacs.org.
</pre></div><!-- original content --><br></div></blockquote>
                                
<img src='http://mail.ibs.re.kr/checkread/OTA1MjI5/Z214LXVzZXJzQGdyb21hY3Mub3Jn/' width='1px' height='1px' />