<p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Dear all,</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">I am creating a topology file for hydroxide, closely following the parameters from the paper by Wolf et al:</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">http://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2014.04.062</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">This is somewhat similar to the polarisable hydroxide topology that was included in the recent SWM4-NDP force field.</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">In this non-polarisable topology, I would like to know what atomic number should one label for the OH-OV2 type atom, as it was defined as a virtual site (but with 1 a.m.u assigned) in the paper's supporting material. I have labeled the atomic number with "X" as below:</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">[ atomtypes ]</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">;name &nbsp; at.num &nbsp;mass &nbsp; &nbsp;charge &nbsp;ptype &nbsp; sigma &nbsp; epsilon</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">OH-O &nbsp; &nbsp;8 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 11.9980 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -1.32 &nbsp; A &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">OH-H &nbsp; &nbsp;1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.00800 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00 &nbsp; A &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.14 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.2150576</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">OH-OV1 &nbsp;0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.00000 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00 &nbsp; D &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.2916 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.2150576</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">OH-OV2 &nbsp;X &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.00000 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00 &nbsp; A &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.25 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.2150576</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">OH-qH &nbsp; 0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.00000 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.32 &nbsp; D &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.00 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00</p><div><br></div><div>Can an atom (ptype=A) have zero at.num?</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Kester</div><div><br></div></p>
<img src='http://mail.ibs.re.kr/checkread/OTA0OTE3/Z214LXVzZXJzQGdyb21hY3Mub3Jn/' width='1px' height='1px' />