<p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Dear all,&nbsp;</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">I am using GROMACS 5.0, could anyone tell me how can I use the LJ 6-12 in my calculations?</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">My force field [ defaults ] is as follows:</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">[ defaults ]</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">; nbfunc &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;comb-rule &nbsp; &nbsp; &nbsp; gen-pairs &nbsp; &nbsp; &nbsp; fudgeLJ fudgeQQ</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; yes &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.5 &nbsp; &nbsp; 0.5</p><div style="font-family: Gulim; font-size: 10pt;"><br></div><div style="font-family: Gulim; font-size: 10pt;"><br></div><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">According to the manual, do I add "N" equals to 12 to enable the LJ 6-12 (carbon-water) interaction parameters to be used, without using the look up table "table6-12.xvg"?</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">[ defaults ]</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">; nbfunc &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;comb-rule &nbsp; &nbsp; &nbsp; gen-pairs &nbsp; &nbsp; &nbsp; fudgeLJ fudgeQQ &nbsp; &nbsp;N</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">LJ &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; yes &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.5 &nbsp; &nbsp; 0.5 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 12</p><div><br></div><div>My current system already has the following parameters bonding, nonbonding, graphene, water and ions topologies; based on the TIPS3P and CHARMM27 models.</div><div><br></div><div><span style="font-size: 10pt;">Thanks for any input!</span></div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Kester</div><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p></p>
<img src='http://mail.ibs.re.kr/checkread/OTAyMTQ0/Z214LXVzZXJzQGdyb21hY3Mub3Jn/' width='1px' height='1px' />