<div>What he meant was to specify full path of your cmake, i.e. /work/user/GROMACS/cmake-2.8/bin/cmake .. -DGMX_FFT_LIBRARY..... (and so on); instead of just typing cmake .. -DGMX_FFT_LIBRARY....</div><div>š</div><div>This is really a linux issue instead of gromacs.</div><div>š</div><div>š</div><div>08.11.2014, 06:00, "Agnivo Gosai" &lt;agnivogromacs14@gmail.com&gt;:</div><blockquote type="cite"><p>Dear Users<br /><br />1 . I am not sure as to how to set the full path in the cmake command line.<br />Do I need to use the export command to set the path ?<br /><br />An example will be of great help. I am also searching the web but can not<br />find a satisfactory answer.<br /><br />As highlighted in my step 5 ( trailing mail ) , I think install_prefix will<br />install the gromacs version in the specified directory or am I wrong ?<br /><br />2. Yes , I understand it after reading the instructions. I think mdrun will<br />pick up MPI threading automatically.<br /><br />I have also installed FFTW 3.0 in a local folder , how do I set its path in<br />the cmake command line and I also have gcc in the root folder , along with<br />icc.<br /><br />Pardon my ignorance as I think these are very basic questions related to<br />the linux architecture.<br /><br />---------- Forwarded message ----------<br />From: Justin Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br />To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br />Cc:<br />Date: Fri, 07 Nov 2014 16:26:56 -0500<br />Subject: Re: [gmx-users] Installing GROMACS 4.6.7 on Intel Cluster<br /><br /><br />On 11/7/14 4:20 PM, Agnivo Gosai wrote:</p><blockquote>šDear Users<br /><br />šI checked and found that the CMAKE version installed in my university<br />šcluster is 2.6-patch 4 however GROMACS 4.6.7 requires CMAKE 2.8 or higher.<br />šSo I installed CMAKE 2.8.11 in my local work directory :<br />š/work/user/GROMACS/cmake-2.8/bin/cmake<br /><br />šNow I want to use Intel MKL , so after reading the GROMACS installation<br />šinstruction I have decided to use the following workflow :-<br /><br />š1. štar xfz gromacs-4.6.7.tar.gz<br />š2. cd gromacs-4.6.7<br />š3. mkdir build<br />š4. cd build<br />š5. cmake .. -DGMX_FFT_LIBRARY=mkl -DGMX_MPI=ON -<br />šDCMAKE_INSTALL_PREFIX=/work/user/GROMACS<br />š6. make<br />š7. make install<br />šNow when I check install location of CMAKE it points to the old version<br />šlocated in the Cluster root directory.<br /><br />šNow , I want to use the new version which I believe to have installed<br />šcorrectly. So please help in solving this problem.</blockquote><p>Specify the full PATH of your cmake, otherwise the environment will just<br />pick up the default cmake on the cluster.<br /><br />šAlso I would request the users to check my workflow of the installation</p><blockquote>šprocess and provide suggestions.</blockquote><p>There is no point in compiling the whole suite of tools with MPI; nothing<br />makes use of MPI except mdrun. šSo if you want to compile all the tools<br />(preprocessing and analysis), don't set GMX_MPI. šIf you are using GMX_MPI,<br />then set -DGMX_BUILD_MDRUN_ONLY=ON to get MPI-enabled mdrun. šStrictly<br />speaking, MPI is not required, but it depends on what you want to do<br />whether or not you need it.<br /><br />-Justin<br />Thanks &amp; Regards<br />Agnivo Gosai<br />Grad Student, Iowa State University.<br />-- <br />Gromacs Users mailing list<br /><br />* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List</a> before posting!<br /><br />* Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br /><br />* For (un)subscribe requests visit<br /><a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.</p></blockquote><div>š</div><div>š</div><div>--</div><div>Mohd Farid Ismail</div><div>E-mail: mohd.farid.ismail@yandex.com</div><div>Cellphone: 012-251-4565</div><div>š</div>