<p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Dear gmx-users,&nbsp;</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Q1) I would like to plot the radius profile of a water droplet on graphene, as a function of z-direction, as per below:</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">http://journals.aps.org/prl/article/10.1103/PhysRevLett.109.176101/figures/2/large</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 10pt;"></span></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><span style="font-size: 10pt;">Which GROAMCS utility should I use, and how do I go about plotting the profile?</span></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Q2) Another question that I have is, suppose I have equilibrated (NVT) a water droplet for 10ns, and would like to plot the H-bond density (along the z-direction),&nbsp;</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">I type the following command:</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">g_density_mpi -f traj_comp.xtc -n system.ndx -s topol.tpr -b 9000 -e 10000 -sl 1000 -dens number -o number-density-OH.xvg</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">I was only able to select:</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">System</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Graphene (my substrate)</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Water&nbsp;</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">How can I create a system.ndx such that it allows me to choose the OH (instead of water)?</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Q3) Regarding Q2, the g_density_mpi utility read the frames contained within the time frame of 9 - 10 ns, but does it average the frames to give a time-averaged density.xvg?&nbsp;</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Thank you for your time, any feedback is appreciated.</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Merry Christmas &amp; Happy New Year!</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Regards,</p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Kester</p></p>
<img src='http://mail.ibs.re.kr/checkread/MTEyOTg3MQ==/Z214LXVzZXJzQGdyb21hY3Mub3Jn/' width='1px' height='1px' />