<p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Dear all,&nbsp;</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">I would like to select water and ions using the g_select command as follows:</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">g_select_mpi -f traj_comp.xtc -s topol.tpr -n system.ndx -b 9000 -e 10000 -select 'resname SOL and resname H3O and resname CLA and res_com z &gt;= 0.8 and res_com z &lt; 0.85' -on Layer-001.ndx &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;</p><div style="font-family: Gulim; font-size: 10pt;"><br></div><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">In &nbsp;my ions.itp file, I have my hydronium and chloride as H3O and CLA, however, I am not able to obtain the select-index file.</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">However, selecting water without ions worked, but this is not what I wanted.</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Could anyone point out what did I do incorrectly?</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;"><br></p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Regards,</p><p style="font-family: Gulim; font-size: 10pt; border: 0px; padding: 0px; margin: 0px; cursor: text;">Kester</p></p>
<img src='http://mail.ibs.re.kr/checkread/MTIxODU2Mw==/Z214LXVzZXJzQGdyb21hY3Mub3Jn/' width='1px' height='1px' />