<p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;">Check whether the configuration of the atom with highest force is configured reasonably.</p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;">If you are only getting a few minimisation steps before crashing, then p<span style="font-size: 10pt;">erhaps minimising your cell using a double precision GROMACS would help?</span></p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><br></p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;">Cheers,</p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;">Kester</p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><br></p><p style="border:0; padding:0; margin:0; font-family:'Gulim'; font-size:10pt; cursor: text;"><br></p><div style="margin-top:30px;margin-left:0.8em;font-size:12px;font-family:돋움,arial;color:#0066CC;font-weight: bold;">--------- 원본 메일 ---------</div><blockquote style="font-size:12px;border-left-style:solid;border-left-width:2px;margin-bottom:0pt;margin-left:0.8em;margin-right:0pt;margin-top:0pt;padding-left:1em;"><div style="font-family:arial,돋움;line-height:1.5"><b>보낸사람</b> : #SUKRITI GUPTA# &lt;SUKRITI002@e.ntu.edu.sg&gt;<br><b>받는사람</b> : "gmx-users@gromacs.org" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><b>받은날짜</b> : 2015년 2월 4일(수) 19:10:26<br><b>제목</b> : [gmx-users] adding polyatomic species in water<br><!-- original content --><div style="margin-top:5px;"><pre>Dear Gromacs Users,


I am trying to simulate a cell containing different polyatomic species like sulphate, glucose, acetic acid etc. in water. I start my simulation by taking pdb file containing 1 sulphate ion and then add remaining sulphate ions and other species using -cs and -ci from genbox. I use genbox command multiple time till all the species are added and system is solvated in water. But when I perform energy minimisation, the initial system starts with a very high energy i.e. around 10^6 range and the either it doesn't get converged or i get msg Segmentation fault (core dumped).


I also tried using genconf but still i was getting the same problem.


Can anyone please let me know what is wrong with my system and how can i correctly add all the species in my system.


Regards

Sukriti


[https://wis.ntu.edu.sg/graphics/tms/ntulogofit2.gif]

Sukriti Gupta (Ms) | PhD Student | Energy Research Institute @ NTU (ERI@N) | Nanyang Technological University
N1.3-B4-14, 50 Nanyang Avenue, Singapore 639798
Tel: (65) 81164191 GMT+8h | Email:sukriti002@e.ntu.edu.sg | Web:erian.ntu.edu.sg<http: www.ntu.edu.sg="" home="" xuzc="" people.html="">


-- 
Gromacs Users mailing list

* Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List before posting!

* Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists

* For (un)subscribe requests visit
https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users or send a mail to gmx-users-request@gromacs.org.
</http:></pre></div><!-- original content --><br></div></blockquote></p>
<img src='http://mail.ibs.re.kr/checkread/MTI2MDkyNQ==/Z214LXVzZXJzQGdyb21hY3Mub3Jn/' width='1px' height='1px' />