<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html><head><title></title>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=utf-8">
<meta http-equiv="Content-Style-Type" content="text/css">
<style type="text/css"><!--
body {
  margin: 5px 5px 5px 5px;
  background-color: #ffffff;
}
/* ========== Text Styles ========== */
hr { color: #000000}
body, table /* Normal text */
{
 font-size: 9pt;
 font-family: 'Courier New';
 font-style: normal;
 font-weight: normal;
 color: #000000;
 text-decoration: none;
}
span.rvts1 /* Heading */
{
 font-size: 10pt;
 font-family: 'Arial';
 font-weight: bold;
 color: #0000ff;
}
span.rvts2 /* Subheading */
{
 font-size: 10pt;
 font-family: 'Arial';
 font-weight: bold;
 color: #000080;
}
span.rvts3 /* Keywords */
{
 font-size: 10pt;
 font-family: 'Arial';
 font-style: italic;
 color: #800000;
}
a.rvts4, span.rvts4 /* Jump 1 */
{
 font-size: 10pt;
 font-family: 'Arial';
 color: #008000;
 text-decoration: underline;
}
a.rvts5, span.rvts5 /* Jump 2 */
{
 font-size: 10pt;
 font-family: 'Arial';
 color: #008000;
 text-decoration: underline;
}
span.rvts6
{
 font-size: 11pt;
 font-family: 'segoe ui';
 font-weight: bold;
 color: #ffffff;
 background-color: #0000ff;
}
span.rvts7
{
 font-size: 11pt;
 font-family: 'segoe ui';
}
a.rvts8, span.rvts8
{
 font-size: 11pt;
 font-family: 'segoe ui';
 color: #0000ff;
 text-decoration: underline;
}
span.rvts9
{
 font-size: 8pt;
 font-family: 'arial';
 font-style: italic;
 color: #c0c0c0;
}
a.rvts10, span.rvts10
{
 font-size: 8pt;
 font-family: 'arial';
 color: #0000ff;
 text-decoration: underline;
}
/* ========== Para Styles ========== */
p,ul,ol /* Paragraph Style */
{
 text-align: left;
 text-indent: 0px;
 padding: 0px 0px 0px 0px;
 margin: 0px 0px 0px 0px;
}
.rvps1 /* Centered */
{
 text-align: center;
}
--></style>
</head>
<body>

<p>Mark,</p>
<p><br></p>
<p>Not to troll, but why did you assume that I didn't do my due diligence before posting here?&nbsp;</p>
<p>Because, you see, you could have left that second part of your reply (which only confirms the legitimacy of my initial question), and it would make it less insulting.</p>
<p><br></p>
<p>Alex</p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<div><table border=0 cellpadding=1 cellspacing=2>
<tr valign=top>
<td width=11 style="background-color: #0000ff;">
<p><span class=rvts6>&gt;</span></p>
</td>
<td width=1215 style="background-color: #ffffff;">
<p><span class=rvts7>Hi,</span></p>
<p><span class=rvts7>Googling things like "gromacs DNA structure" is a good bet. There are no fully standardised naming schemes or workflows, so you will likely not have something do everything for you.</span></p>
<p><span class=rvts7>Mark</span></p>
<p><span class=rvts7>On 03/04/2015 7:03 am, "Alex" &lt;</span><a class=rvts8 href="mailto:nedomacho@gmail.com">nedomacho@gmail.com</a><span class=rvts7>&gt; wrote:</span></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>I'm fully aware that this is a forum for discussing Gromacs, but there's a bit of a frustrating situation that involves using it.</span></p>
<p><span class=rvts7>I need a linear ssDNA chain, sequence of my choosing, anything that will work with, say, AMBER99SB-ILDN. Not trying to find any funny forcefields for it, everything as is. You suggested AMBER in the past, so AMBER it is.</span></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>ChemOffice produced a PDB with incompatible atom types. make-na server (</span><a class=rvts8 href="http://structure.usc.edu/make-na/server.html">http://structure.usc.edu/make-na/server.html</a><span class=rvts7>) also produced something pdb2gmx hates. Is there absolutely any way to get a PDB that will produce a usable topology out of the box with an established potential implemented in Gromacs? Anything that will not involve manual modification of PDBs or writing text-processing scripts will make me very happy.</span></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>I will really appreciate any suggestions.</span></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>Thank you,</span></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>Alex</span></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>--</span></p>
<p><span class=rvts7>Gromacs Users mailing list</span></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>* Please search the archive at&nbsp;</span><a class=rvts8 href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List</a><span class=rvts7>&nbsp;before posting!</span></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>* Can't post? Read&nbsp;</span><a class=rvts8 href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>* For (un)subscribe requests visit</span></p>
<p><a class=rvts8 href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users</a><span class=rvts7>&nbsp;or send a mail to&nbsp;</span><a class=rvts8 href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><span class=rvts7>.</span></p>
</td>
</tr>
</table>
</div>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts9>--&nbsp;</span></p>
<p><span class=rvts9>Best regards,</span></p>
<p><span class=rvts9>&nbsp;Alex &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</span><a class=rvts10 href="mailto:nedomacho@gmail.com">mailto:nedomacho@gmail.com</a></p>

</body></html>