<html><head></head><body><div style="font-family: Verdana;font-size: 12.0px;"><div>&nbsp;
<div>Dear All,</div>

<div>&nbsp;</div>

<div>I recentlly installed gromacs 5.0.1 and a few months later 5.0.4 (hoping there was adifference) as I am using terra grid with a 5.0.1 install.</div>

<div>&nbsp;</div>

<div>Now, I noticed 2 things, trjconv_d no matter what I do can not read or convert the .trr file, even with simple -f in.trr -o out.trr or .xtc files.&nbsp; I was simply interested mostly as my secound problem is, if I include anything other than the standard energy groups of protein non_protein (say x y z), the performance goes from 20 ns a day for my system, to 10 ns a day.&nbsp; Thus I was going to rerun everything after the grid usage with -rerun and a changed energy group list just to make my life easier.</div>

<div>&nbsp;</div>

<div>I checked all of this with 4.5.6, 4.6.7 versions and the trjconv_d -f in.trr -o out.trr or out.xtc works fine.&nbsp; It will even process a standard 5.0.1 in.trr file, however if I then try any type of rerun (as expected) I get a version error.</div>

<div>&nbsp;</div>

<div>Is this a) a bug and b) a if so or not, does someone have a work around?</div>

<div>&nbsp;</div>

<div>I have also tried gmx_d trjconv, and I searched the mail archives, and the only thing anyone mentioned was a 64 bit, vs a 32 bit Linux install delema, stating if the files were larger than a few gigs, there was a memory error.&nbsp; I origionally thought this the error, however decided to run test first with small 100MB-2 G runs to test it, and this was not the problem.</div>

<div>&nbsp;</div>

<div>Sincerely,</div>

<div>&nbsp;</div>

<div>Stephan L. Watkins, PhD</div>
</div></div></body></html>