<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html><head><title></title>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=utf-8">
<meta http-equiv="Content-Style-Type" content="text/css">
<style type="text/css"><!--
body {
  margin: 5px 5px 5px 5px;
  background-color: #ffffff;
}
/* ========== Text Styles ========== */
hr { color: #000000}
body, table /* Normal text */
{
 font-size: 9pt;
 font-family: 'Courier New';
 font-style: normal;
 font-weight: normal;
 color: #000000;
 text-decoration: none;
}
span.rvts1 /* Heading */
{
 font-size: 10pt;
 font-family: 'Arial';
 font-weight: bold;
 color: #0000ff;
}
span.rvts2 /* Subheading */
{
 font-size: 10pt;
 font-family: 'Arial';
 font-weight: bold;
 color: #000080;
}
span.rvts3 /* Keywords */
{
 font-size: 10pt;
 font-family: 'Arial';
 font-style: italic;
 color: #800000;
}
a.rvts4, span.rvts4 /* Jump 1 */
{
 font-size: 10pt;
 font-family: 'Arial';
 color: #008000;
 text-decoration: underline;
}
a.rvts5, span.rvts5 /* Jump 2 */
{
 font-size: 10pt;
 font-family: 'Arial';
 color: #008000;
 text-decoration: underline;
}
span.rvts6
{
 font-size: 11pt;
 font-family: 'segoe ui';
 font-weight: bold;
 color: #ffffff;
 background-color: #0000ff;
}
span.rvts7
{
 font-size: 11pt;
 font-family: 'segoe ui';
}
a.rvts8, span.rvts8
{
 font-size: 11pt;
 font-family: 'segoe ui';
 color: #0000ff;
 text-decoration: underline;
}
span.rvts9
{
 font-size: 8pt;
 font-family: 'arial';
 font-style: italic;
 color: #c0c0c0;
}
a.rvts10, span.rvts10
{
 font-size: 8pt;
 font-family: 'arial';
 color: #0000ff;
 text-decoration: underline;
}
/* ========== Para Styles ========== */
p,ul,ol /* Paragraph Style */
{
 text-align: left;
 text-indent: 0px;
 padding: 0px 0px 0px 0px;
 margin: 0px 0px 0px 0px;
}
.rvps1 /* Centered */
{
 text-align: center;
}
--></style>
</head>
<body>

<p>Well, none of us in this project have the scripting skills necessary for this, that's sort of the problem...</p>
<p><br></p>
<p>Thanks,</p>
<p><br></p>
<p>Alex</p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<div><table border=0 cellpadding=1 cellspacing=2>
<tr valign=top>
<td width=11 style="background-color: #0000ff;">
<p><span class=rvts6>&gt;</span></p>
</td>
<td width=1215 style="background-color: #ffffff;">
<p><span class=rvts7>Hi Alex,</span></p>
<p><span class=rvts7>I think the best way is to extend the chain, such that you get an overlap between both ends. So for a stretch of DNA</span></p>
<p><span class=rvts7>ACGT</span></p>
<p><span class=rvts7>You would generate&nbsp;</span></p>
<p><span class=rvts7>TACGTA</span></p>
<p><span class=rvts7>Then you strip off the terminal atoms and rewire the links over the boundary. It requires renumbering the topology and at first looks a bit cumbersome, but this ensures all the links are correct and the modifications of the termini have no effect, and it's not very hard to script. And, of course, scripting it is a one time effort to avoid doing it manually later.</span></p>
<p><span class=rvts7>Cheers,</span></p>
<p><span class=rvts7>Tsjerk</span></p>
<p><span class=rvts7>On Apr 26, 2015 5:55 AM, "Alex" &lt;</span><a class=rvts8 href="mailto:nedomacho@gmail.com">nedomacho@gmail.com</a><span class=rvts7>&gt; wrote:</span></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>JL&gt; The force field parameters for a phosphodiester are the same in a linear, finite</span></p>
<p><span class=rvts7>JL&gt; DNA as they will be in your infinite chain.</span></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>I didn't mean that anything would need to be changed in the description of residues. The FF handles a</span></p>
<p><span class=rvts7>finite chain perfectly.</span></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>JL&gt; The problem is in telling pdb2gmx</span></p>
<p><span class=rvts7>JL&gt; "don't link i,i+1 here, instead link i,i+(some number of intervening nucleotides)."</span></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>This is exactly what I meant, the linking. Is there a way to achieve this</span></p>
<p><span class=rvts7>without messing with the code? I just haven't looked at the code, so</span></p>
<p><span class=rvts7>if you think I'm being a cheeky little bastard, I'll accept that. :)</span></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>Thanks,</span></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>Alex</span></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>--</span></p>
<p><span class=rvts7>Gromacs Users mailing list</span></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>* Please search the archive at&nbsp;</span><a class=rvts8 href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List</a><span class=rvts7>&nbsp;before posting!</span></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>* Can't post? Read&nbsp;</span><a class=rvts8 href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>* For (un)subscribe requests visit</span></p>
<p><a class=rvts8 href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users</a><span class=rvts7>&nbsp;or send a mail to&nbsp;</span><a class=rvts8 href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><span class=rvts7>.</span></p>
</td>
</tr>
</table>
</div>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts9>--&nbsp;</span></p>
<p><span class=rvts9>Best regards,</span></p>
<p><span class=rvts9>&nbsp;Alex &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</span><a class=rvts10 href="mailto:nedomacho@gmail.com">mailto:nedomacho@gmail.com</a></p>

</body></html>