<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html><head><title></title>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<meta http-equiv="Content-Style-Type" content="text/css">
<style type="text/css"><!--
body {
  margin: 5px 5px 5px 5px;
  background-color: #ffffff;
}
/* ========== Text Styles ========== */
hr { color: #000000}
body, table /* Normal text */
{
 font-size: 9pt;
 font-family: 'Courier New';
 font-style: normal;
 font-weight: normal;
 color: #000000;
 text-decoration: none;
}
span.rvts1 /* Heading */
{
 font-size: 10pt;
 font-family: 'Arial';
 font-weight: bold;
 color: #0000ff;
}
span.rvts2 /* Subheading */
{
 font-size: 10pt;
 font-family: 'Arial';
 font-weight: bold;
 color: #000080;
}
span.rvts3 /* Keywords */
{
 font-size: 10pt;
 font-family: 'Arial';
 font-style: italic;
 color: #800000;
}
a.rvts4, span.rvts4 /* Jump 1 */
{
 font-size: 10pt;
 font-family: 'Arial';
 color: #008000;
 text-decoration: underline;
}
a.rvts5, span.rvts5 /* Jump 2 */
{
 font-size: 10pt;
 font-family: 'Arial';
 color: #008000;
 text-decoration: underline;
}
span.rvts6
{
 font-size: 11pt;
 font-family: 'segoe ui';
 font-weight: bold;
 color: #ffffff;
 background-color: #0000ff;
}
span.rvts7
{
 font-size: 11pt;
 font-family: 'segoe ui';
}
a.rvts8, span.rvts8
{
 font-size: 11pt;
 font-family: 'segoe ui';
 color: #0000ff;
 text-decoration: underline;
}
span.rvts9
{
 font-size: 11pt;
 font-family: 'segoe ui';
 color: #888888;
}
span.rvts10
{
 font-size: 8pt;
 font-family: 'arial';
 font-style: italic;
 color: #c0c0c0;
}
a.rvts11, span.rvts11
{
 font-size: 8pt;
 font-family: 'arial';
 color: #0000ff;
 text-decoration: underline;
}
/* ========== Para Styles ========== */
p,ul,ol /* Paragraph Style */
{
 text-align: left;
 text-indent: 0px;
 padding: 0px 0px 0px 0px;
 margin: 0px 0px 0px 0px;
}
.rvps1 /* Centered */
{
 text-align: center;
}
--></style>
</head>
<body>

<p>Yup, that should be physically sound.</p>
<p><br></p>
<p>Alex</p>
<p><br></p>
<div><table border=0 cellpadding=1 cellspacing=2>
<tr valign=top>
<td width=11 style="background-color: #0000ff;">
<p><span class=rvts6>&gt;</span></p>
</td>
<td width=1215 style="background-color: #ffffff;">
<p><span class=rvts7>Dear Alex,</span></p>
<p><span class=rvts7>I have another question related to coulombtype selection. I dont want to use pbc in my system so, PME and Ewald are not good choices. If I use Reaction-field-zero and define a rcoulomb equal to my system size ( since epsilon-rf is 0 out of cutoff size) would it do the same work as finding epsilon-rf in generalized field reaction?</span></p>
<p><span class=rvts7>THANKS!</span></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>On Tue, Apr 28, 2015 at 10:22 PM, Maryam Kowsar &lt;</span><a class=rvts8 href="mailto:maryam.kowsar@gmail.com">maryam.kowsar@gmail.com</a><span class=rvts7>&gt; wrote:</span></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>If I use PME there's no need to find epsilon-rf, but I have to change some other parameters. I will try it.</span></p>
<p><span class=rvts7>Thank you very much Alex!&nbsp;</span></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>On Tue, Apr 28, 2015 at 11:31 AM, Alex &lt;</span><a class=rvts8 href="mailto:nedomacho@gmail.com">nedomacho@gmail.com</a><span class=rvts7>&gt; wrote:</span></p>
<p><span class=rvts7>With reaction-field-zero, the only option is epsilon-rf=0. That aside, if the nanotube is small, i would use cut-off electrostatics with coulomb-cutoff comparable to the length of the tube.</span></p>
<p><span class=rvts7>If the tube is long, I would use standard pme. I would be extremely careful about using truncated electrostatics in general. Given the above, I am not sure I understand what's there to calculate, unless you mean running a simulation and _obtaining_ a dielectric property as a result. In that case, given you system, it is a completely different discussion.</span></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>Alex &nbsp;</span></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>MK&gt; Not a poorly formed but a general question!&nbsp;</span></p>
<p><span class=rvts7>MK&gt; You are right about reaction-field-zero. reaction-field leads to</span></p>
<p><span class=rvts7>MK&gt; bad energy conservations. So, I decided to use reaction-field-zero</span></p>
<p><span class=rvts7>MK&gt; but as I have some charges I don't know what to do with them. I</span></p>
<p><span class=rvts7>MK&gt; have a CNT in which there are some ions. I want to calculate the</span></p>
<p><span class=rvts7>MK&gt; epsilon-rf for it. I don't know if epsilon-rf belongs to the whole</span></p>
<p><span class=rvts7>MK&gt; system and if so, how I should calculate it.&nbsp;</span></p>
<p><span class=rvts7>MK&gt; thanks!</span></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>MK&gt; On Tue, Apr 28, 2015 at 10:50 AM, Alex &lt;</span><a class=rvts8 href="mailto:nedomacho@gmail.com">nedomacho@gmail.com</a><span class=rvts7>&gt; wrote:</span></p>
<p><span class=rvts7>MK&gt; That's a pretty poorly formed question, including the part where you</span></p>
<p><span class=rvts7>MK&gt; actually "calculate" the epsilon-rf value. Can you please try again with</span></p>
<p><span class=rvts7>MK&gt; a description of your system?</span></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>MK&gt; Alex</span></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>MK&gt;&gt; Dear all,</span></p>
<p><span class=rvts7>MK&gt;&gt; I use reaction-field-zero as the coulombtype for my system. I wonder how I</span></p>
<p><span class=rvts7>MK&gt;&gt; should choose the right epsilon-rf. How can I calculate the dielectric</span></p>
<p><span class=rvts7>MK&gt;&gt; constant in the system?</span></p>
<p><span class=rvts7>MK&gt;&gt; Thank you.</span></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts9>--&nbsp;</span></p>
<p><span class=rvts9>Best regards,</span></p>
<p><span class=rvts9>&nbsp;Alex &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</span><a class=rvts8 href="mailto:nedomacho@gmail.com">mailto:nedomacho@gmail.com</a></p>
<p><span class=rvts9>--</span></p>
<p><span class=rvts9>Gromacs Users mailing list</span></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts9>* Please search the archive at&nbsp;</span><a class=rvts8 href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List</a><span class=rvts9>&nbsp;before posting!</span></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts9>* Can't post? Read&nbsp;</span><a class=rvts8 href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts9>* For (un)subscribe requests visit</span></p>
<p><a class=rvts8 href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users</a><span class=rvts9>&nbsp;or send a mail to&nbsp;</span><a class=rvts8 href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><span class=rvts9>.</span></p>
</td>
</tr>
</table>
</div>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts10>--&nbsp;</span></p>
<p><span class=rvts10>Best regards,</span></p>
<p><span class=rvts10>&nbsp;Alex &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</span><a class=rvts11 href="mailto:nedomacho@gmail.com">mailto:nedomacho@gmail.com</a></p>

</body></html>