<html><head></head><body><div style="font-family: Verdana;font-size: 12.0px;"><div>&nbsp;
<div>
<div>You should also understand energy at the atomic level, the standard atom-atom inteeractions from general O chem, or chem suck as leonard jones and coulumb...per the standard, non-indexed outputs...they do not follow newtonian based energy systems even though the algorithm is newtonian based in most aspects, which I personally find a miss statement, but was shown to me years ago as true because it essentially treats everything as a moving billiard, then adds the other factors aftwerwards through intigration at set points...using tables which again I am amazed work as they are essentially from the CRC chem book, or standard books prior to computers and very small as far as input overall...pardon my spelling...and redundancy...</div>

<div>&nbsp;</div>

<div>also for anyone with a pesudonym from Oregon state university...not pertaining to myself...as I post here, mit dieses email nicht zu oft...</div>

<div>&nbsp;</div>

<div>Stephan Watkins, PhD</div>

<div name="quote" style="margin:10px 5px 5px 10px; padding: 10px 0 10px 10px; border-left:2px solid #C3D9E5; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">
<div style="margin:0 0 10px 0;"><b>Gesendet:</b>&nbsp;Freitag, 22. Mai 2015 um 22:19 Uhr<br/>
<b>Von:</b>&nbsp;&quot;Justin Lemkul&quot; &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br/>
<b>An:</b>&nbsp;gmx-users@gromacs.org<br/>
<b>Betreff:</b>&nbsp;Re: [gmx-users] conserved energy</div>

<div name="quoted-content"><br/>
<br/>
On 5/22/15 11:56 AM, Ahmet Y&#305;ld&#305;r&#305;m wrote:<br/>
&gt; Dear users,<br/>
&gt;<br/>
&gt; The total energy obtained from the .edr file is the sum of potential and<br/>
&gt; kinetic energy of system. But there is not any information about conserved<br/>
&gt; energy in manual. Maybe I couldn&#39;t find it.<br/>
&gt; I am looking for answers of the following questions:<br/>
&gt; -Which energy contributions/terms does the conserved energy include?<br/>
&gt; -How I get individual contributions (like constrains&#39; contribution) to the<br/>
&gt; conserved energy?<br/>
&gt;<br/>
<br/>
<a href="http://lmgtfy.com/?q=gromacs+%22conserved+energy%22+site%3Amailman-1.sys.kth.se" target="_blank">http://lmgtfy.com/?q=gromacs+%22conserved+energy%22+site%3Amailman-1.sys.kth.se</a><br/>
<br/>
:)<br/>
<br/>
-Justin<br/>
<br/>
--<br/>
==================================================<br/>
<br/>
Justin A. Lemkul, Ph.D.<br/>
Ruth L. Kirschstein NRSA Postdoctoral Fellow<br/>
<br/>
Department of Pharmaceutical Sciences<br/>
School of Pharmacy<br/>
Health Sciences Facility II, Room 629<br/>
University of Maryland, Baltimore<br/>
20 Penn St.<br/>
Baltimore, MD 21201<br/>
<br/>
jalemkul@outerbanks.umaryland.edu &#124; (410) 706-7441<br/>
<a href="http://mackerell.umaryland.edu/~jalemkul" target="_blank">http://mackerell.umaryland.edu/~jalemkul</a><br/>
<br/>
==================================================<br/>
--<br/>
Gromacs Users mailing list<br/>
<br/>
* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List</a> before posting!<br/>
<br/>
* Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br/>
<br/>
* For (un)subscribe requests visit<br/>
<a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users</a> or send a mail to gmx-users-request@gromacs.org.</div>
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</div></div></body></html>