<html><head></head><body><div style="font-family: Verdana;font-size: 12.0px;"><div>Hey folks!</div>

<div>I want to position restrain my lipid bilayer for minimization and equibriliation, but grommp gives me following error:</div>

<div>
<div>Fatal error:<br/>
[ file posresdppe.itp, line 17 ]:<br/>
Atom index (13) in position_restraints out of bounds (1-12).</div>

<div>&nbsp;</div>

<div>I generated the *.itp files with genrestr -f membrane-ecoli.gro -n index.ndx -o posres{insert lipidname}.itp, making sure atom indices match with my index file.</div>

<div>&nbsp;</div>

<div>I think I&#39;ve put them in the right order in the topology:</div>

<div>
<div>#include &quot;martini.itp&quot;</div>

<div>#include &quot;martini_ions.itp&quot;</div>

<div>[ moleculetype ]<br/>
#include &quot;DPPE.itp&quot;<br/>
#ifdef POSRES_LIPID<br/>
#include &quot;posresdppe.itp&quot;<br/>
#endif</div>

<div>#include &quot;DOPE.itp&quot;<br/>
#ifdef POSRES_LIPID<br/>
#include &quot;posresdope.itp&quot;<br/>
#endif</div>

<div>#include &quot;POPE.itp&quot;<br/>
#ifdef POSRES_LIPID<br/>
#include &quot;posrespope.itp&quot;<br/>
#endif</div>

<div>#include &quot;POPG.itp&quot;<br/>
#ifdef POSRES_LIPID<br/>
#include &quot;posrespopg.itp&quot;<br/>
#endif</div>

<div><br/>
[ system ]<br/>
e coli membrane</div>

<div>[ molecules ]&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;<br/>
DPPE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 61<br/>
DOPE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 61<br/>
POPE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 61<br/>
POPG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 61<br/>
DPPE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 61<br/>
DOPE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 61<br/>
POPE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 61<br/>
POPG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 61<br/>
W&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7166<br/>
NA+&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 140<br/>
CL-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18</div>

<div>&nbsp;</div>

<div>So whats wrong? Do you have an idea?</div>

<div>Thanks in advance! :)</div>

<div>Warm regards,</div>

<div>Kathrin</div>
</div>
</div></div></body></html>