<p dir="ltr">Can someone tell me a good program/sever besides prodg ,to generate topology for organic and inorganic ligands.thanks</p>
<div class="quote">Em 26/09/2015 2:48 PM, gromacs.org_gmx-users-request@maillist.sys.kth.se escreveu:<br type='attribution'><blockquote class="quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div>
<div>Send gromacs.org_gmx-users mailing list submissions to<br />
        gromacs.org_gmx-users&#64;maillist.sys.kth.se<br />
<br />
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br />
        <a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users</a><br />
or, via email, send a message with subject or body &#39;help&#39; to<br />
        gromacs.org_gmx-users-request&#64;maillist.sys.kth.se<br />
<br />
You can reach the person managing the list at<br />
        gromacs.org_gmx-users-owner&#64;maillist.sys.kth.se<br />
<br />
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br />
than &#34;Re: Contents of gromacs.org_gmx-users digest...&#34;<br />
<br />
<br />
Today&#39;s Topics:<br />
<br />
   1. bonded forces in output (Stanislav ?imko)<br />
   2. Re: bonded forces in output (Justin Lemkul)<br />
   3. Installation problem<br />
      (Parham Jabbarzadeh (Department of Biomedical Science))<br />
   4. Restart simulation after crash (Juliano Braz Carregal)<br />
   5. Re: Restart simulation after crash (Justin Lemkul)<br />
<br />
<br />
----------------------------------------------------------------------<br />
<br />
Message: 1<br />
Date: Sat, 26 Sep 2015 11:31:24 &#43;0200<br />
From: Stanislav ?imko &lt;stanislav.simko&#64;gmail.com&gt;<br />
To: gromacs.org_gmx-users&#64;maillist.sys.kth.se<br />
Subject: [gmx-users] bonded forces in output<br />
Message-ID: &lt;1443259884.25179.9.camel&#64;gmail.com&gt;<br />
Content-Type: text/plain; charset&#61;&#34;UTF-8&#34;<br />
<br />
Dear gromacs users,<br />
I&#39;m writing my code to calculate pressure from trajectory files - from<br />
problthat em atomic positions and forces - according to virial theorem.<br />
Currently, I&#39;m able to calculate the same pressure when I&#39;ve got only<br />
non-bonded forces of a small system (10 atoms with charges and LJ<br />
parameters) centered in a big (100nm cubic) box. Hopefully, my code<br />
should work also for smaller box where atoms can see periodic images.<br />
The problem that I&#39;m facing right now is that I do not know how to<br />
obtain bonded forces from the trajectory files. E.g., for single spc<br />
water molecule gromacs gives zero forces on all atoms, even though I<br />
assigned them different velocities.<br />
        to obtain forces I run:<br />
        gmx traj -f *.trr -s *.tpr -of forces -fp<br />
 Also, gromacs gives me non-zero virial (diagonal elements XX, YY, ZZ),<br />
which means that there are some forces<br />
        gmx energy -f *.edr -s *.tpr ...<br />
So I would like to ask, if there is some way how to get bonded forces<br />
out of the trajectory... (or rerun with some runtime parameters to<br />
force gromacs to print bonded forces)<br />
Sincerely,<br />
stanislav.<br />
<br />
<br />
------------------------------<br />
<br />
Message: 2<br />
Date: Sat, 26 Sep 2015 12:02:48 -0400<br />
From: Justin Lemkul &lt;jalemkul&#64;vt.edu&gt;<br />
To: gmx-users&#64;gromacs.org<br />
Subject: Re: [gmx-users] bonded forces in output<br />
Message-ID: &lt;5606C1A8.4090106&#64;vt.edu&gt;<br />
Content-Type: text/plain; charset&#61;windows-1252; format&#61;flowed<br />
<br />
<br />
<br />
On 9/26/15 5:31 AM, Stanislav ?imko wrote:<br />
&gt; Dear gromacs users,<br />
&gt; I&#39;m writing my code to calculate pressure from trajectory files - from<br />
&gt; problthat em atomic positions and forces - according to virial theorem.<br />
&gt; Currently, I&#39;m able to calculate the same pressure when I&#39;ve got only<br />
&gt; non-bonded forces of a small system (10 atoms with charges and LJ<br />
&gt; parameters) centered in a big (100nm cubic) box. Hopefully, my code<br />
&gt; should work also for smaller box where atoms can see periodic images.<br />
&gt; The problem that I&#39;m facing right now is that I do not know how to<br />
&gt; obtain bonded forces from the trajectory files. E.g., for single spc<br />
&gt; water molecule gromacs gives zero forces on all atoms, even though I<br />
&gt; assigned them different velocities.<br />
&gt;        to obtain forces I run:<br />
&gt;        gmx traj -f *.trr -s *.tpr -of forces -fp<br />
&gt;   Also, gromacs gives me non-zero virial (diagonal elements XX, YY, ZZ),<br />
&gt; which means that there are some forces<br />
&gt;        gmx energy -f *.edr -s *.tpr ...<br />
&gt; So I would like to ask, if there is some way how to get bonded forces<br />
&gt; out of the trajectory... (or rerun with some runtime parameters to<br />
&gt; force gromacs to print bonded forces)<br />
<br />
By default, water is treated as rigid via SETTLE, so there are no bonded forces. <br />
  You can turn this off with &#34;define &#61; -DFLEXIBLE&#34; in the .mdp file for the <br />
purpose of do a re-calculation of energies and forces.<br />
<br />
-Justin<br />
<br />
-- <br />
&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;<br />
<br />
Justin A. Lemkul, Ph.D.<br />
Ruth L. Kirschstein NRSA Postdoctoral Fellow<br />
<br />
Department of Pharmaceutical Sciences<br />
School of Pharmacy<br />
Health Sciences Facility II, Room 629<br />
University of Maryland, Baltimore<br />
20 Penn St.<br />
Baltimore, MD 21201<br />
<br />
jalemkul&#64;outerbanks.umaryland.edu | (410) 706-7441<br />
<a href="http://mackerell.umaryland.edu/~jalemkul">http://mackerell.umaryland.edu/~jalemkul</a><br />
<br />
&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;<br />
<br />
<br />
------------------------------<br />
<br />
Message: 3<br />
Date: Sat, 26 Sep 2015 09:08:08 -0700<br />
From: &#34;Parham Jabbarzadeh (Department of Biomedical Science)&#34;<br />
        &lt;pjabbarzadeh&#64;gmail.com&gt;<br />
To: gromacs.org_gmx-users&#64;maillist.sys.kth.se<br />
Subject: [gmx-users] Installation problem<br />
Message-ID:<br />
        &lt;CAGq_gb8tUi4aYyEGRL3S8smKkcWjkcQ4C2-wBtDA78zD1DsNgg&#64;mail.gmail.com&gt;<br />
Content-Type: text/plain; charset&#61;UTF-8<br />
<br />
Dear sir<br />
<br />
When I am installing in the build directory, I faced the folliwng error.<br />
Can you help me? My Ubuntu version is 15.04.<br />
<br />
 Issue another request to this URL:<br />
  &#39;<a href="https://kth.box.com/shared/static/53xl0qouhsvrbrbgtl4p.gz">https://kth.box.com/shared/static/53xl0qouhsvrbrbgtl4p.gz</a>&#39;<br />
<br />
  Protocol &#34;https&#34; not supported or disabled in libcurl<br />
<br />
  Closing connection -1<br />
<br />
<br />
<br />
-- Configuring incomplete, errors occurred!<br />
<br />
<br />
Thanks<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
*?Parham Jabbarzadeh Kaboli*&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;<br />
??<br />
&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;<br />
?&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;?<br />
<br />
Cancer Pharmacologist<br />
Faculty of Medicine and Health Sciences<br />
University Putra Malaysia<br />
Malaysia<br />
<br />
&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;<br />
?&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;?<br />
<br />
Publication  &lt;<a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term&#61;Parham&#43;Jabbarzadeh&#43;Kaboli">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term&#61;Parham&#43;Jabbarzadeh&#43;Kaboli</a>&gt;:::<br />
Featured Publication<br />
&lt;<a href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1043661815000833">http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1043661815000833</a>&gt;<br />
::: Website &lt;<a href="http://www.parhamacademy.com/news.php">http://www.parhamacademy.com/news.php</a>&gt;<br />
<br />
<br />
------------------------------<br />
<br />
Message: 4<br />
Date: Sat, 26 Sep 2015 14:44:36 -0300<br />
From: Juliano Braz Carregal &lt;julianocarregal&#64;hotmail.com&gt;<br />
To: gromacs.org_gmx-users&#64;maillist.sys.kth.se<br />
Subject: [gmx-users] Restart simulation after crash<br />
Message-ID: &lt;SNT406-EAS23559A58A012A4725F9826B8410&#64;phx.gbl&gt;<br />
Content-Type: text/plain; charset&#61;&#34;us-ascii&#34;<br />
<br />
An HTML attachment was scrubbed...<br />
URL: &lt;<a href="http://maillist.sys.kth.se/pipermail/gromacs.org_gmx-users/attachments/20150926/4259a7cb/attachment-0001.html">http://maillist.sys.kth.se/pipermail/gromacs.org_gmx-users/attachments/20150926/4259a7cb/attachment-0001.html</a>&gt;<br />
<br />
------------------------------<br />
<br />
Message: 5<br />
Date: Sat, 26 Sep 2015 13:47:27 -0400<br />
From: Justin Lemkul &lt;jalemkul&#64;vt.edu&gt;<br />
To: gmx-users&#64;gromacs.org<br />
Subject: Re: [gmx-users] Restart simulation after crash<br />
Message-ID: &lt;5606DA2F.20101&#64;vt.edu&gt;<br />
Content-Type: text/plain; charset&#61;windows-1252; format&#61;flowed<br />
<br />
<br />
Please don&#39;t reply to the entire digest, especially when you&#39;re not replying to <br />
anything related.<br />
<br />
On 9/26/15 1:44 PM, Juliano Braz Carregal wrote:<br />
&gt; Hi everyone,its possible to restart a MD simulation just after the power<br />
&gt; crashing instead restart from the beginning?thanks<br />
&gt;<br />
<br />
Of course.<br />
<br />
<a href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Doing_Restarts">http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Doing_Restarts</a><br />
<br />
-Justin<br />
<br />
-- <br />
&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;<br />
<br />
Justin A. Lemkul, Ph.D.<br />
Ruth L. Kirschstein NRSA Postdoctoral Fellow<br />
<br />
Department of Pharmaceutical Sciences<br />
School of Pharmacy<br />
Health Sciences Facility II, Room 629<br />
University of Maryland, Baltimore<br />
20 Penn St.<br />
Baltimore, MD 21201<br />
<br />
jalemkul&#64;outerbanks.umaryland.edu | (410) 706-7441<br />
<a href="http://mackerell.umaryland.edu/~jalemkul">http://mackerell.umaryland.edu/~jalemkul</a><br />
<br />
&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;&#61;<br />
<br />
<br />
------------------------------<br />
<br />
-- <br />
Gromacs Users mailing list<br />
<br />
* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List</a> before posting!<br />
<br />
* Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br />
<br />
* For (un)subscribe requests visit<br />
<a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users</a> or send a mail to gmx-users-request&#64;gromacs.org.<br />
<br />
End of gromacs.org_gmx-users Digest, Vol 137, Issue 141<br />
*******************************************************<br />
</div>
</div>

</blockquote></div>