<html><head></head><body><div style="font-family: Verdana;font-size: 12.0px;"><div style="font-family: Verdana;font-size: 12.0px;">
<div>Dear Gmx&#39;s,&nbsp;</div>

<div>I am trying to get an infinite DNA chain to work. I was following an earlier discussion:</div>

<div><a href="https://mailman-1.sys.kth.se/pipermail/gromacs.org_gmx-users/2015-April/096970.html" target="_blank">https://mailman-1.sys.kth.se/pipermail/gromacs.org_gmx-users/2015-April/096970.html</a></div>

<div>I got pdb2gmx to accept my lose ends and also added bonds, angles and dihedrals&nbsp;to the topology file connection both ends. But after a short simulation it looks like the the force is calculated over the &quot;real&quot; distance and not across the periodic boundary. It looks like there is a short gap in the DNA when I display the periodic image as well.&nbsp;</div>

<div>How does Gromacs determine, which is the correct bond direction/length?&nbsp;</div>

<div>Or how can I check for sure if the correct bond length is used? Would the simulation even start, if there is a bond stretching over 40 bais pairs?</div>

<div>I appreciate any advice very much!</div>

<div>
<div>Best,</div>

<div>Roman</div>
</div>

<div>&nbsp;</div>

<div>&nbsp;</div>
</div></div></body></html>