<div>Hi Mark and Szilard,</div><div>š</div><div>Thanks for all the help. Just to make sure I understood, I should run cmake like this:</div><div>š</div><div>cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DGMX_GPU=on -DGPU_DEPLOYMENT_KIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-7.5 -DCMAKE_C_FLAGS="-D_FORCE_INLINES"</div><div>š</div><div>or should I try to modify a CMakefile.txt or Makefile? If so, which? I've been looking around but can't seem to find the correct file to modify.</div><div>š</div><div>Best regards,</div><div>Diogo</div><div>š</div><div>š</div><div>From: Mark Abraham &lt;<a href="http://gmane.org/get-address.php?address=mark.j.abraham%2dRe5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w%40public.gmane.org" target="_top">mark.j.abraham@...</a>&gt;<br /> Subject: <a href="http://news.gmane.org/find-root.php?message_id=CAMNuMAR25zQe6exe%2bn4NL%2dPkm%3dxcmQn%5fSuv0fS4LncdPEGyP%2bQ%40mail.gmail.com" target="_top">Re: [gmx-users] Error while re-compiling Gromacs 5.1.2 with GPU and gcc 5.3.1</a><br /> Newsgroups: <a href="http://news.gmane.org/gmane.science.biology.gromacs.user" target="_top">gmane.science.biology.gromacs.user</a><br /> Date: 2016-05-31 21:16:07 GMT (41 minutes ago)<br /><pre>Hi,

That's the standard content of CUDA - that deliberate compiler error has to
be suppressed (per the link in the original post) if you want to use a
different compiler.

The issue here is that the version of the C standard library that ships on
the operating system has a new feature that interacts poorly with versions
of CUDA that pre-dated it. Using a compatible compiler doesn't help, if it
shares that standard library. To fix, as Szilard tried to suggest, you can
use

cmake -DCMAKE_C_FLAGS="-D_FORCE_INLINES"

which avoids the problematic code path. The irritating part about trying to
consider a workaround for GROMACS is that memcpy is supposed to be defined
by string.h, so it is somehow inconsistent that it is not defined...

Mark
</pre></div>