<html>
  <head>

    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=windows-1252">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <p>Hi Mark,</p>
    <p>Thank you for your answer. I just have redone again everything
      but I get the same problem. I am not even compiling with MPI or
      GPU support and I have the same.</p>
    <p>Hereis my procedure:</p>
    """<br>
    tar xzvf gromacs-2016.tar.gz<br>
    cd gromacs-2016<br>
    mkdir build<br>
    cd build/<br>
    cmake -DGMX_GPU=OFF -DGMX_MPI=OFF
    -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/q.kaas/share/gromacs-2016_nompi/
    -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF -DGMX_SIMD=AVX_256
    ..<br>
    nice -20 make -j 2<br>
    """<br>
    <br>
    And the answer is the same:<br>
    <br>
    """<br>
    (...)<br>
    [100%] Built target libgromacs<br>
    Linking CXX executable ../../bin/template<br>
    /opt/pkg/2015Q2/lib/libxml2.so.2: undefined reference to `gzopen64'<br>
    collect2: error: ld returned 1 exit status<br>
    make[2]: *** [bin/template] Error 1<br>
    make[1]: *** [share/template/CMakeFiles/template.dir/all] Error 2<br>
    make: *** [all] Error <br>
    """<br>
    <br>
    What is this "template" doing? Could that be coming from this
    binary? There is no such thing in 5.1.3.<br>
    <br>
    Thank you<br>
    Quentin<br>
    <br>
    <br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 18/08/16 22:17, Mark Abraham wrote:<br>
    </div>
    <blockquote class=" cite"
id="mid_CAMNuMAS_J8_68S2wPsEVuSiJhU5dLsd0Z0jLdgh6Li_suPO8Lw_mail_gmail_com"
cite="mid:CAMNuMAS-J8_68S2wPsEVuSiJhU5dLsd0Z0jLdgh6Li_suPO8Lw@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <pre wrap="">Hi,

GROMACS 2016 doesn't use libxml2 at all, so it looks like there's something
strange going on with how you've done that build, because there's no way
the template can have such a linking dependency.

Mark

On Thu, Aug 18, 2016 at 2:43 AM Quentin Kaas <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:q.kaas@imb.uq.edu.au">&lt;q.kaas@imb.uq.edu.au&gt;</a> wrote:

</pre>
      <blockquote class=" cite" id="Cite_4341096" type="cite">
        <pre wrap="">Hello,

I just tried building Gromacs2016. The build went fine until it reached
the linking stage:

linking CXX executable ../../bin/template
/opt/pkg/2015Q2/lib/libxml2.so.2: undefined reference to `gzopen64'
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[1]: *** [bin/template] Error 1
make: *** [share/template/CMakeFiles/template.dir/all] Error 2

Could someone help me tell cmake to tell ld where the zlib library is?

I compiled Gromacs-5.1.3 about 10 min before trying the new 2016 version
and it went without any complaint. There might be something to fix in the
2016 version?

Best wishes

Quentin
--
Gromacs Users mailing list

* Please search the archive at
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List</a> before
posting!

* Can't post? Read <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a>

* For (un)subscribe requests visit
<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users</a> or
send a mail to <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.
</pre>
      </blockquote>
    </blockquote>
    <br>
    <div class="moz-signature">-- <br>
      <small>
        <font color="#000099"><b>Dr Quentin Kaas</b></font><br>
        <br>
        <font color="#6633ff">Institute for Molecular Bioscience (IMB)</font><br>
        <font color="#9999ff">
          Level 2 North, Building 80, The University of Queensland,
          Brisbane QLD 4072, Australia<br>
          F: +61 7 3346 2021<br>
        </font>
        <br>
        <font color="#3333ff">
          <a href="http://researchers.uq.edu.au/researcher/1804">http://researchers.uq.edu.au/researcher/1804</a><br>
          <a href="http://www.conoserver.org/">http://www.conoserver.org/</a><br>
          <a href="http://cybase.org.au/">http://cybase.org.au/</a><br>
        </font>
      </small>
    </div>
  </body>
</html>