<div>HI,</div><div> </div><div>Thanks for yuor reply. Here is log of my cmake output. I can't find anything significantly wrong there.</div><div> </div><div>Andrey</div><div> </div><div>03.03.2017, 10:39, "Mark Abraham" &lt;mark.j.abraham@gmail.com&gt;:</div><blockquote type="cite"><p>Hi,<br /><br />The simplest explanation would be that your C compiler and your C++<br />compiler are somehow incompatible. But we'd have to see eg the terminal log<br />from cmake to know.<br /><br />Mark<br /><br />On Thu, 2 Mar 2017 22:44 Andrey Tolstov &lt;<a href="mailto:atolst@yandex.ru">atolst@yandex.ru</a>&gt; wrote:<br /> </p><blockquote> Hello!<br /><br /> I'm trying to install gromacs 5.1.4 on my Ubuntu 16.04. I've unpacked<br /> sources, made build dir, launched from it "cmake ..<br /> -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_GPU=ON -DGMX_DOUBLE=off" - it worked fine,<br /> then ran "make". Compilation was ok, but linker returned an error<br /> "collect2: error: ld returned 1 exit status" and a lot of undefined<br /> references, like that:<br /><br /> [ 98%] Linking CXX executable ../../bin/template<br /> ../../lib/libgromacs.so.1.4.0: undefined reference to<br /> `nb_kernel_ElecRF_VdwLJ_GeomP1P1_F_avx_256_single'<br /> ../../lib/libgromacs.so.1.4.0: undefined reference to<br /> `nb_kernel_ElecCoul_VdwNone_GeomW3P1_VF_avx_256_single'<br /> ../../lib/libgromacs.so.1.4.0: undefined reference to<br /> `nb_kernel_ElecRF_VdwLJ_GeomW4W4_VF_avx_256_single'<br /> ../../lib/libgromacs.so.1.4.0: undefined reference to<br /> `nb_kernel_ElecNone_VdwLJ_GeomP1P1_VF_avx_256_single'<br /> ../../lib/libgromacs.so.1.4.0: undefined reference to<br /> `nb_kernel_ElecEw_VdwLJ_GeomW4W4_VF_avx_256_single'<br /> ../../lib/libgromacs.so.1.4.0: undefined reference to<br /> `nbnxn_kernel_ElecQSTabTwinCut_VdwLJCombGeom_F_2xnn'<br /> ../../lib/libgromacs.so.1.4.0: undefined reference to<br /> `nb_kernel_ElecGB_VdwNone_GeomP1P1_VF_avx_256_single'<br /> ../../lib/libgromacs.so.1.4.0: undefined reference to<br /> `nb_kernel_ElecRF_VdwNone_GeomW4W4_VF_avx_256_single'<br /> ../../lib/libgromacs.so.1.4.0: undefined reference to<br /> `nb_kernel_ElecRFCut_VdwNone_GeomW3P1_VF_avx_256_single'<br /> ../../lib/libgromacs.so.1.4.0: undefined reference to<br /> `nb_kernel_ElecRFCut_VdwNone_GeomW4W4_VF_avx_256_single'<br /> ../../lib/libgromacs.so.1.4.0: undefined reference to<br /> `nbnxn_kernel_ElecQSTab_VdwLJEwCombGeom_VgrpF_4xn'<br /> ../../lib/libgromacs.so.1.4.0: undefined reference to<br /> `nb_kernel_ElecRF_VdwCSTab_GeomW4W4_VF_avx_256_single'<br /><br /> After that I've tried to build and use fftw3, switch from avx to sse4.1,<br /> switch from gcc-5 to gcc-4.9, but these (or very similar) errors didn't<br /> disappear. Also I've tried gromacs versions 5.1.3 and 5.0.4 but I've got<br /> the same problem.<br /> For more information see the full make log by link<br /> <a href="http://pastebin.com/UeyfPdgA">http://pastebin.com/UeyfPdgA</a> or tail of it with all the errors in<br /> attached file.<br /> Can you please help me finding the reason of this problem?<br /><br /> Thanks in advance,<br /> Andrey<br /> --<br /> Gromacs Users mailing list<br /><br /> * Please search the archive at<br /> <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List</a> before<br /> posting!<br /><br /> * Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br /><br /> * For (un)subscribe requests visit<br /> <a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users</a> or<br /> send a mail to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.</blockquote><span>--<br />Gromacs Users mailing list</span><p><br />* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List</a> before posting!<br /><br />* Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br /><br />* For (un)subscribe requests visit<br /><a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.</p></blockquote>