<div>Hello,</div><div> </div><div>FYI, problem was solved by building gromacs by another linux user. I have no idea what was wrong with this user. Thanks for trying to help.</div><div> </div><div>Andrey</div><div> </div><div>04.03.2017, 01:54, "Mark Abraham" &lt;mark.j.abraham@gmail.com&gt;:</div><blockquote type="cite"><p>Hi,<br /><br />That's a cmake log for a different run (building fftw via GROMACS vs not).<br />But I can build and install the 5.1.4 tarball fine with the stock gcc 5.4.0<br />on ubuntu 16.04.02 and cuda 8.0, with or without building ffftw via GROMACS.<br /><br />Mark<br /><br />On Fri, Mar 3, 2017 at 9:26 PM Толстов Андрей &lt;<a href="mailto:atolst@yandex.ru">atolst@yandex.ru</a>&gt; wrote:<br /> </p><blockquote> HI,<br /><br /> Thanks for yuor reply. Here is log of my cmake output. I can't find<br /> anything significantly wrong there.<br /><br /> Andrey<br /><br /> 03.03.2017, 10:39, "Mark Abraham" &lt;<a href="mailto:mark.j.abraham@gmail.com">mark.j.abraham@gmail.com</a>&gt;:<br /><br /> Hi,<br /><br /> The simplest explanation would be that your C compiler and your C++<br /> compiler are somehow incompatible. But we'd have to see eg the terminal log<br /> from cmake to know.<br /><br /> Mark<br /><br /> On Thu, 2 Mar 2017 22:44 Andrey Tolstov &lt;<a href="mailto:atolst@yandex.ru">atolst@yandex.ru</a>&gt; wrote:<br /><br /><br />  Hello!<br /><br />  I'm trying to install gromacs 5.1.4 on my Ubuntu 16.04. I've unpacked<br />  sources, made build dir, launched from it "cmake ..<br />  -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_GPU=ON -DGMX_DOUBLE=off" - it worked fine,<br />  then ran "make". Compilation was ok, but linker returned an error<br />  "collect2: error: ld returned 1 exit status" and a lot of undefined<br />  references, like that:<br /><br />  [ 98%] Linking CXX executable ../../bin/template<br />  ../../lib/libgromacs.so.1.4.0: undefined reference to<br />  `nb_kernel_ElecRF_VdwLJ_GeomP1P1_F_avx_256_single'<br />  ../../lib/libgromacs.so.1.4.0: undefined reference to<br />  `nb_kernel_ElecCoul_VdwNone_GeomW3P1_VF_avx_256_single'<br />  ../../lib/libgromacs.so.1.4.0: undefined reference to<br />  `nb_kernel_ElecRF_VdwLJ_GeomW4W4_VF_avx_256_single'<br />  ../../lib/libgromacs.so.1.4.0: undefined reference to<br />  `nb_kernel_ElecNone_VdwLJ_GeomP1P1_VF_avx_256_single'<br />  ../../lib/libgromacs.so.1.4.0: undefined reference to<br />  `nb_kernel_ElecEw_VdwLJ_GeomW4W4_VF_avx_256_single'<br />  ../../lib/libgromacs.so.1.4.0: undefined reference to<br />  `nbnxn_kernel_ElecQSTabTwinCut_VdwLJCombGeom_F_2xnn'<br />  ../../lib/libgromacs.so.1.4.0: undefined reference to<br />  `nb_kernel_ElecGB_VdwNone_GeomP1P1_VF_avx_256_single'<br />  ../../lib/libgromacs.so.1.4.0: undefined reference to<br />  `nb_kernel_ElecRF_VdwNone_GeomW4W4_VF_avx_256_single'<br />  ../../lib/libgromacs.so.1.4.0: undefined reference to<br />  `nb_kernel_ElecRFCut_VdwNone_GeomW3P1_VF_avx_256_single'<br />  ../../lib/libgromacs.so.1.4.0: undefined reference to<br />  `nb_kernel_ElecRFCut_VdwNone_GeomW4W4_VF_avx_256_single'<br />  ../../lib/libgromacs.so.1.4.0: undefined reference to<br />  `nbnxn_kernel_ElecQSTab_VdwLJEwCombGeom_VgrpF_4xn'<br />  ../../lib/libgromacs.so.1.4.0: undefined reference to<br />  `nb_kernel_ElecRF_VdwCSTab_GeomW4W4_VF_avx_256_single'<br /><br />  After that I've tried to build and use fftw3, switch from avx to sse4.1,<br />  switch from gcc-5 to gcc-4.9, but these (or very similar) errors didn't<br />  disappear. Also I've tried gromacs versions 5.1.3 and 5.0.4 but I've got<br />  the same problem.<br />  For more information see the full make log by link<br />  <a href="http://pastebin.com/UeyfPdgA">http://pastebin.com/UeyfPdgA</a> or tail of it with all the errors in<br />  attached file.<br />  Can you please help me finding the reason of this problem?<br /><br />  Thanks in advance,<br />  Andrey<br />  --<br />  Gromacs Users mailing list<br /><br />  * Please search the archive at<br />  <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List</a> before<br />  posting!<br /><br />  * Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br /><br />  * For (un)subscribe requests visit<br />  <a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users</a> or<br />  send a mail to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br /><br /> --<br /> Gromacs Users mailing list<br /><br /><br /> * Please search the archive at<br /> <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List</a> before<br /> posting!<br /><br /> * Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br /><br /> * For (un)subscribe requests visit<br /> <a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users</a> or<br /> send a mail to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br /><br /> --<br /> Gromacs Users mailing list<br /><br /> * Please search the archive at<br /> <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List</a> before<br /> posting!<br /><br /> * Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br /><br /> * For (un)subscribe requests visit<br /> <a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users</a> or<br /> send a mail to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.</blockquote><span>--<br />Gromacs Users mailing list</span><p><br />* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List</a> before posting!<br /><br />* Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br /><br />* For (un)subscribe requests visit<br /><a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.</p></blockquote>