<img src="http://mail.ynu.ac.kr/servlet/com.biz.CheckedMail?mailinfo=chinmoy&uid=1509254841373.23545" height="1" width="1" border="0"><div style='font-size:10pt;font-family:돋움;'><style> #mailBodyContentDiv { font-family : 돋움 ; background-color: #ffffff;font-size:10pt;}  #mailBodyContentDiv BODY { background-color: #ffffff;}  #mailBodyContentDiv BODY, TD, TH { color: black; font-family: 돋움; font-size: 10pt; }  #mailBodyContentDiv P { margin: 0px; padding:2px;}  </style>    <div id="mailBodyContentDiv" style="width:100%;font-size:10pt;font-family : 돋움">

<div class="nova-e-text nova-e-text--size-m nova-e-text--family-sans-serif nova-e-text--spacing-s redraft-text" data-reactid="55" style="border: 0px; margin: 0px 0px 15px; padding: 0px; color: rgb(17, 17, 17); font-family: Roboto, Arial, sans-serif; font-size: 0.875rem; line-height: 1.3; background-color: rgb(244, 244, 244);">For example in this paper OH of carboxyl group and Phenolic OH group has same atoms and bond length but slightly different charges.</div><div class="nova-e-text nova-e-text--size-m nova-e-text--family-sans-serif nova-e-text--spacing-s redraft-text" data-reactid="57" style="border: 0px; margin: 0px 0px 15px; padding: 0px; color: rgb(17, 17, 17); font-family: Roboto, Arial, sans-serif; font-size: 0.875rem; line-height: 1.3; background-color: rgb(244, 244, 244);"></div><div class="nova-e-text nova-e-text--size-m nova-e-text--family-sans-serif nova-e-text--spacing-s redraft-text" data-reactid="58" style="border: 0px; margin: 0px 0px 15px; padding: 0px; colo!

 r: rgb(17, 17, 17); font-family: Roboto, Arial, sans-serif; font-size: 0.875rem; line-height: 1.3; background-color: rgb(244, 244, 244);">But How the gromacs will differentiate from the datas it gets Pdb file?</div><div class="nova-e-text nova-e-text--size-m nova-e-text--family-sans-serif nova-e-text--spacing-s redraft-text" data-reactid="60" style="border: 0px; margin: 0px 0px 15px; padding: 0px; color: rgb(17, 17, 17); font-family: Roboto, Arial, sans-serif; font-size: 0.875rem; line-height: 1.3; background-color: rgb(244, 244, 244);"></div><div class="nova-e-text nova-e-text--size-m nova-e-text--family-sans-serif nova-e-text--spacing-s redraft-text" data-reactid="61" style="border: 0px; margin: 0px; padding: 0px; color: rgb(17, 17, 17); font-family: Roboto, Arial, sans-serif; font-size: 0.875rem; line-height: 1.3; background-color: rgb(244, 244, 244);">Assuming pdb file contains only coordinates of different atoms.</div><p><br></p></div><br><br>