Hi<br>Have look to:<br><br>http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0046902<br><br>and<br><br>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/m/pubmed/27630991/<br><br>HTH<br><br>Best<div class="quote" style="line-height: 1.5"><br><br>-------- Messaggio originale --------<br>Oggetto: Re: [gmx-users] analyzing docking + MD results<br>Da: MD <refmac5@gmail.com><br>A: gmx-users@gromacs.org<br>CC: <br><br><br type="attribution"><blockquote class="quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Mark,<br>I looked through the page and links. Is the "Free energy calculations" of<br>tutorial 6 the one you recommended for binding energy analysis?<br>Thanks,<br>Ming<br><br>On Sun, Dec 24, 2017 at 7:08 AM, MD <refmac5@gmail.com> wrote:<br><br>> Excellent. Thank you Mark.<br>> Happy holidays.<br>> Ming<br>><br>> On Dec 23, 2017 10:14 PM, "Mark Abraham" <mark.j.abraham@gmail.com> wrote:<br>><br>>> Hi,<br>>><br>>> Yes, GROMACS will do that. See<br>>> http://www.alchemistry.org/wiki/Example_Free_Energy_Calculations (and<br>>> many<br>>> other resources)<br>>><br>>> Mark<br>>><br>>> On Sun, Dec 24, 2017 at 10:29 AM MD <refmac5@gmail.com> wrote:<br>>><br>>> > Hi Mark,<br>>> ><br>>> > Does GROMACS do that or I need to go with other software?<br>>> ><br>>> > Thank you,<br>>> ><br>>> > Ming<br>>> ><br>>> > On Dec 23, 2017 6:06 PM, "Mark Abraham" <mark.j.abraham@gmail.com><br>>> wrote:<br>>> ><br>>> > > Hi,<br>>> > ><br>>> > > Normally one would try to compute the relative free energy of binding<br>>> > > between the two poses, but that is rather more costly than what you've<br>>> > done<br>>> > > so far.<br>>> > ><br>>> > > Mark<br>>> > ><br>>> > > On Sun, Dec 24, 2017, 07:24 MD <refmac5@gmail.com> wrote:<br>>> > ><br>>> > > > Hi Gromacs folks,<br>>> > > ><br>>> > > > I want to look at protein peptide interaction. After docking two<br>>> > > > conformations of the peptide emerged, and both of which make<br>>> chemistry<br>>> > > > sense and have similar low binding energies. (+-1 kj/mol). The<br>>> distance<br>>> > > > between the two conformations of the peptide is ~8A.<br>>> > > ><br>>> > > > Then I tried simulations on the two scenarios of protein peptide<br>>> > > complexes<br>>> > > > and the results showed the peptide only shifted very slightly in<br>>> both<br>>> > > > simulations. The rmsd, and energy dropping are all similar. I<br>>> wonder if<br>>> > > > there are other ways to make a judgement to tell which conformation<br>>> of<br>>> > > the<br>>> > > > peptide makes more sense by analyzing their MD results?<br>>> > > ><br>>> > > > Thanks,<br>>> > > ><br>>> > > > Ming<br>>> > > > --<br>>> > > > Gromacs Users mailing list<br>>> > > ><br>>> > > > * Please search the archive at<br>>> > > > http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List before<br>>> > > > posting!<br>>> > > ><br>>> > > > * Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br>>> > > ><br>>> > > > * For (un)subscribe requests visit<br>>> > > > https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users<br>>> or<br>>> > > > send a mail to gmx-users-request@gromacs.org.<br>>> > > ><br>>> > > --<br>>> > > Gromacs Users mailing list<br>>> > ><br>>> > > * Please search the archive at http://www.gromacs.org/<br>>> > > Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List before posting!<br>>> > ><br>>> > > * Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br>>> > ><br>>> > > * For (un)subscribe requests visit<br>>> > > https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users or<br>>> > > send a mail to gmx-users-request@gromacs.org.<br>>> > ><br>>> > --<br>>> > Gromacs Users mailing list<br>>> ><br>>> > * Please search the archive at<br>>> > http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List before<br>>> > posting!<br>>> ><br>>> > * Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br>>> ><br>>> > * For (un)subscribe requests visit<br>>> > https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users or<br>>> > send a mail to gmx-users-request@gromacs.org.<br>>> ><br>>> --<br>>> Gromacs Users mailing list<br>>><br>>> * Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support<br>>> /Mailing_Lists/GMX-Users_List before posting!<br>>><br>>> * Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br>>><br>>> * For (un)subscribe requests visit<br>>> https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users or<br>>> send a mail to gmx-users-request@gromacs.org.<br>>><br>><br>-- <br>Gromacs Users mailing list<br><br>* Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List before posting!<br><br>* Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br><br>* For (un)subscribe requests visit<br>https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users or send a mail to gmx-users-request@gromacs.org.<br></blockquote></div>