<div style='background-color:#ffffff;'><style>P {font-size:10pt;font-family:±¼¸²,Gulim,Helvetica,serif;margin-top:7px;margin-bottom:0px;}</style><P>Dear GROMACS users,</P>
<P>&nbsp;</P>
<P>I'm wondering how&nbsp;can I correctly&nbsp;describe H-H radial distribution function of heavy water.</P>
<P>Please check atteched file HH_rdf.PNG which is&nbsp;a calculated&nbsp;result of H-H radial distribution&nbsp;from my simulation.</P>
<P>The first&nbsp;peak is due to the intramolecular interaction of water molecules.</P>
<P>It shows&nbsp;almolst 7&nbsp;at 0.13 nm but when&nbsp;comparing this result with an experimental data, the experimental data shows just almost 2 at the first peak.</P>
<P>I have tried&nbsp;many times of simulations but i couldn't find why this huge&nbsp;difference is caused.</P>
<P>I used tip4p/2005f water model and used potential is atteched below.</P>
<P>&nbsp;</P>
<P>[ defaults ]<BR>; nbfunc&nbsp;comb-rule&nbsp;gen-pairs&nbsp;fudgeLJ&nbsp;fudgeQQ<BR>1&nbsp;&nbsp;3&nbsp;&nbsp;yes&nbsp;&nbsp;0.5&nbsp;0.5</P>
<P>&nbsp;</P>
<P>[ moleculetype ]<BR>; molname&nbsp;nrexcl<BR>SOL&nbsp;&nbsp;2</P>
<P>&nbsp;</P>
<P>[ atoms ]<BR>; id&nbsp;at type&nbsp;res nr &nbsp;residu name&nbsp;at name&nbsp;cg nr&nbsp;charge<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_113&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0<BR>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_114&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5564<BR>3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_114&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5564<BR>4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_115&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; MW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.1128</P>
<P>&nbsp;</P>
<P>;[nonbond_params]<BR>; i&nbsp;j&nbsp;funct&nbsp;q&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; V&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; W<BR>;1&nbsp;2&nbsp;1&nbsp;0.5564&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.16440e-01&nbsp; 7.74907e-01 <BR>;1&nbsp;3&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5564&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.16440e-01&nbsp; 7.74907e-01</P>
<P><BR>#ifndef FLEXIBLE<BR>[ settles ]<BR>; OW&nbsp;&nbsp;&nbsp; funct&nbsp;&nbsp; doh&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; dhh<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.09664&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.15555</P>
<P>#else</P>
<P>[ bonds ]<BR>; i&nbsp;j&nbsp;funct&nbsp;length&nbsp;&nbsp; D&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; beta<BR>1&nbsp;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.09419&nbsp;&nbsp; 432.581&nbsp;&nbsp; 22.87&nbsp;&nbsp; ; For TIP4P/2005f Water b0, D, beta <BR>1&nbsp;3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.09419&nbsp;&nbsp; 432.581&nbsp;&nbsp; 22.87&nbsp;&nbsp; ; For TIP4P/2005f Water b0, D, beta <BR>&nbsp;<BR>[ angles ]<BR>; i&nbsp;j&nbsp;k&nbsp;funct&nbsp;angle&nbsp;force.c.<BR>2&nbsp;1&nbsp;3&nbsp;1&nbsp;107.4&nbsp;367.81&nbsp;<BR>#endif</P>
<P>[ exclusions ]<BR>1&nbsp;2&nbsp;3&nbsp;4<BR>2&nbsp;1&nbsp;3&nbsp;4<BR>3&nbsp;1&nbsp;2&nbsp;4<BR>4&nbsp;1&nbsp;2&nbsp;3</P>
<P>&nbsp;</P>
<P>; The position of the virtual site is computed as follows:<BR>;<BR>; const = distance (OD) / [ cos (angle(DOH)) &nbsp;* distance (OH) ]<BR>;&nbsp;&nbsp; 0.015 nm&nbsp;/ [ cos (52.26 deg)&nbsp;* 0.09572 nm&nbsp;]</P>
<P>; Vsite pos x4 = x1 + a*(x2-x1) + b*(x3-x1)</P>
<P>[ virtual_sites3 ]<BR>; Vsite from&nbsp;&nbsp;&nbsp;funct&nbsp;a&nbsp;&nbsp;b<BR>4&nbsp;1&nbsp;2&nbsp;3&nbsp;1&nbsp;0.13288&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.13288</P>
<P><BR>I used -DFLEXIBLE option and energy minimization, NVT, NPT equlibration and NVE production run.</P>
<P>If someone would&nbsp;find some wrong things, please let me know.</P>
<P>&nbsp;</P>
<P>Thank you.</P>
<P>Haelee Hyun<BR></P>
<DIV id=uSign>&nbsp;</DIV><BR><br></div><br><p><img src=http://mail.kaeri.re.kr:80/jxmail/ko/jsp/mail/readCheck.jsp?read=hyunhl_send_mime_1529308036493_Thread-928_0 border=0 height=1 width=1>