<div><p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:12px;line-height:normal;font-family:Helvetica;"> </p><p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:12px;line-height:normal;font-family:Helvetica;"><span style="font-size:12pt;">HI,</span></p><p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:12px;line-height:normal;font-family:Helvetica;"> </p><p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:12px;line-height:normal;font-family:Helvetica;"><span style="font-size:12pt;">I tried to install gromacs with cuda support on MacBook Pro 2015 (macOS 10.13.4) + eGPU (nvidia titan xp) many times and always have got errors. I didn’t try to install Ubuntu on my MacBook and then install gromacs with cuda, but I guess it could work. Excuse me for my English. </span></p><p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:12px;line-height:normal;font-family:Helvetica;"> </p><p style="margin:0px;font-stretch:normal;font-size:12px;line-height:normal;font-family:Helvetica;"><span style="font-size:12pt;">Vlad.</span></p><div> </div></div><div> </div><div>15.06.2018, 12:36, "Florian Nachon" &lt;florian.nachon@chemdef.fr&gt;:</div><blockquote type="cite"><p>Hi,<br /><br />I’m struggling to install Gormacs 2018 on my MacBook pro (late 2013) with cuda support for the NVIDIA GeForce GT 750M.<br /><br />I’m using Clang-6.0 installed with macports for OpenMP support, and clang from Xcode 9.2 for support of cuda 9.2 and cmake stage is fine using :<br /><br />cmake .. -DGMX_GPU=ON -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda/ -DCMAKE_C_COMPILER=/opt/local/bin/clang-mp-6.0 -DCMAKE_CXX_COMPILER=/opt/local/bin/clang++-mp-6.0 -DGMX_SIMD=AVX2_256 -DCUDA_HOST_COMPILER=/usr/bin/clang -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3<br /><br /><br />But I have apparently a linking issue for gpu_utilstest_cuda at the end of the make stage :<br /><br />Scanning dependencies of target gpu_utilstest_cuda<br />[ 98%] Linking CXX shared library ../../../../lib/libgpu_utilstest_cuda.dylib<br />Undefined symbols for architecture x86_64:<br />  "gmx::formatString(char const*, ...)", referenced from:<br />      gmx::(anonymous namespace)::throwUponFailure(cudaError, char const*) in gpu_utilstest_cuda_generated_devicetransfers.cu.o<br />  "gmx::GromacsException::setInfo(std::__1::type_index const&amp;, std::__1::unique_ptr&lt;gmx::internal::IExceptionInfo, std::__1::default_delete&lt;gmx::internal::IExceptionInfo&gt; &gt;&amp;&amp;)", referenced from:<br />      gmx::(anonymous namespace)::throwUponFailure(cudaError, char const*) in gpu_utilstest_cuda_generated_devicetransfers.cu.o<br />  "gmx::GromacsException::GromacsException(gmx::ExceptionInitializer const&amp;)", referenced from:<br />      gmx::(anonymous namespace)::throwUponFailure(cudaError, char const*) in gpu_utilstest_cuda_generated_devicetransfers.cu.o<br />  "gmx::internal::assertHandler(char const*, char const*, char const*, char const*, int)", referenced from:<br />      gmx::doDeviceTransfers(gmx_gpu_info_t const&amp;, gmx::ArrayRef&lt;char const&gt;, gmx::ArrayRef&lt;char&gt;) in gpu_utilstest_cuda_generated_devicetransfers.cu.o<br />  "gmx::internal::IExceptionInfo::~IExceptionInfo()", referenced from:<br />      gmx::(anonymous namespace)::throwUponFailure(cudaError, char const*) in gpu_utilstest_cuda_generated_devicetransfers.cu.o<br />      gmx::ExceptionInfo&lt;gmx::ExceptionInfoLocation_, gmx::ThrowLocation&gt;::~ExceptionInfo() in gpu_utilstest_cuda_generated_devicetransfers.cu.o<br />      gmx::ExceptionInfo&lt;gmx::ExceptionInfoLocation_, gmx::ThrowLocation&gt;::~ExceptionInfo() in gpu_utilstest_cuda_generated_devicetransfers.cu.o<br />  "typeinfo for gmx::InternalError", referenced from:<br />      gmx::(anonymous namespace)::throwUponFailure(cudaError, char const*) in gpu_utilstest_cuda_generated_devicetransfers.cu.o<br />  "typeinfo for gmx::internal::IExceptionInfo", referenced from:<br />      typeinfo for gmx::ExceptionInfo&lt;gmx::ExceptionInfoLocation_, gmx::ThrowLocation&gt; in gpu_utilstest_cuda_generated_devicetransfers.cu.o<br />  "vtable for gmx::InternalError", referenced from:<br />      gmx::(anonymous namespace)::throwUponFailure(cudaError, char const*) in gpu_utilstest_cuda_generated_devicetransfers.cu.o<br />  NOTE: a missing vtable usually means the first non-inline virtual member function has no definition.<br />  "vtable for gmx::GromacsException", referenced from:<br />      gmx::(anonymous namespace)::throwUponFailure(cudaError, char const*) in gpu_utilstest_cuda_generated_devicetransfers.cu.o<br />      gmx::InternalError::~InternalError() in gpu_utilstest_cuda_generated_devicetransfers.cu.o<br />  NOTE: a missing vtable usually means the first non-inline virtual member function has no definition.<br />ld: symbol(s) not found for architecture x86_64<br />clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)<br />src/gromacs/gpu_utils/tests/CMakeFiles/gpu_utilstest_cuda.dir/build.make:79: recipe for target 'lib/libgpu_utilstest_cuda.dylib' failed<br />make[2]: *** [lib/libgpu_utilstest_cuda.dylib] Error 1<br />CMakeFiles/Makefile2:3382: recipe for target 'src/gromacs/gpu_utils/tests/CMakeFiles/gpu_utilstest_cuda.dir/all' failed<br />make[1]: *** [src/gromacs/gpu_utils/tests/CMakeFiles/gpu_utilstest_cuda.dir/all] Error 2<br />Makefile:162: recipe for target 'all' failed<br />make: *** [all] Error 2<br /><br /><br />Any clue?<br /><br />Florian<br /><br /> </p><span>--<br />Gromacs Users mailing list</span><p><br />* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List</a> before posting!<br /><br />* Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br /><br />* For (un)subscribe requests visit<br /><a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.</p></blockquote><div> </div><div> </div><div>-- </div><div>C уважением, Владимир А. Богданов</div><div> </div>