<div>Hey everyone!</div><div> </div><div>Could you help me please?</div><div> </div><div>When I make md.tpr file I get this note:</div><div> </div><div> </div><div> </div><div> </div><div> </div><div><div>gmx_mpi grompp -f md.mdp -c npt.gro -r npt.gro -n index.ndx -t npt.cpt -p topol.top -o md.tpr</div><div> </div><div>Replacing old mdp entry 'nstxtcout' by 'nstxout-compressed'</div><div>Replacing old mdp entry 'xtc_grps' by 'compressed-x-grps'</div><div>Setting the LD random seed to 943784487</div><div>Generated 330891 of the 330891 non-bonded parameter combinations</div><div>Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5</div><div>Generated 330891 of the 330891 1-4 parameter combinations</div><div>Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'Protein_chain_A'</div><div>turning all bonds into constraints...</div><div>Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'Ion_chain_A2'</div><div>turning all bonds into constraints...</div><div>Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'Protein_chain_B'</div><div>turning all bonds into constraints...</div><div>Excluding 2 bonded neighbours molecule type 'SOL'</div><div>turning all bonds into constraints...</div><div>Excluding 1 bonded neighbours molecule type 'NA'</div><div>turning all bonds into constraints...</div><div>Removing all charge groups because cutoff-scheme=Verlet</div><div> </div><div>NOTE 1 [file topol.top, line 51]:</div><div>  In moleculetype 'Ion_chain_A2' 4 atoms are not bound by a potential or</div><div>  constraint to any other atom in the same moleculetype. Although</div><div>  technically this might not cause issues in a simulation, this often means</div><div>  that the user forgot to add a bond/potential/constraint or put multiple</div><div>  molecules in the same moleculetype definition by mistake. Run with -v to</div><div>  get information for each atom.</div><div> </div><div>Number of degrees of freedom in T-Coupling group SOL is 62364.00</div><div>Number of degrees of freedom in T-Coupling group not_SOL is 5300.00</div><div>Determining Verlet buffer for a tolerance of 0.005 kJ/mol/ps at 315 K</div><div>Calculated rlist for 1x1 atom pair-list as 1.299 nm, buffer size 0.099 nm</div><div>Set rlist, assuming 4x4 atom pair-list, to 1.226 nm, buffer size 0.026 nm</div><div>Note that mdrun will redetermine rlist based on the actual pair-list setup</div><div>Reading Coordinates, Velocities and Box size from old trajectory</div><div>Will read whole trajectory</div><div>Last frame         -1 time 2000.000   </div><div>Using frame at t = 2000 ps</div><div>Starting time for run is 0 ps</div><div>Calculating fourier grid dimensions for X Y Z</div><div>Using a fourier grid of 60x60x60, spacing 0.116 0.116 0.116</div><div>Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 0.23</div><div> </div><div>NOTE 2 [file md.mdp]:</div><div>  This run will generate roughly 2063 Mb of data</div><div> </div><div> </div><div>There were 2 notes</div><div> </div><div>Back Off! I just backed up md.tpr to ./#md.tpr.1#</div><div> </div><div>GROMACS reminds you: "Your Country Needs YOU" (U.S. Army)</div><div> </div><div> </div><div> </div><div> </div><div> </div></div><div>Is this ok for my simulation? I do MD of calmodulin and ions of CA (molecule type 'Ion_chain_A2') is important for my system.</div><div> </div><div> </div><div>-- </div><div>Vlad</div>