<div>Hello Everyone,</div><div> </div><div><div>I have solved this problem. However,i would like to ask how can I make an index file for Temperature Coupling for Protein_Zn_Ligand? When i tried to make the index group for the Protein_Zn_Ligand and I got the following error. Is the nvt simulation correct if i don't add Zn to the Temperature Coupling?</div><div> </div><div>Program: gmx grompp, version 2019.1</div><div>Source file: src/gromacs/gmxpreprocess/readir.cpp (line 2667)</div><div> </div><div>Fatal error:</div><div>Atom 4265 in multiple T-Coupling groups (1 and 2)</div><div> </div><div>The nvt parameters are mentioned below:</div><div> </div><div><div>title = Protein-ligand complex NVT equilibration</div><div>define = -DPOSRES -DPOSRES_LIG ; position restrain the protein and ligand</div><div>; Run parameters</div><div>integrator = md ; leap-frog integrator</div><div>nsteps = 30000 ; 2 * 50000 = 100 ps</div><div>dt = 0.002 ; 2 fs</div><div>; Output control</div><div>nstenergy = 500 ; save energies every 1.0 ps</div><div>nstlog = 500 ; update log file every 1.0 ps #include</div><div>nstxout-compressed = 500 ; save coordinates every 1.0 ps</div><div>; Bond parameters</div><div>continuation = no ; first dynamics run</div><div>constraint_algorithm = lincs ; holonomic constraints</div><div>constraints = h-bonds ; bonds to H are constrained</div><div>lincs_iter = 1 ; accuracy of LINCS</div><div>lincs_order = 4 ; also related to accuracy</div><div>; Neighbor searching and vdW</div><div>cutoff-scheme = Verlet</div><div>ns_type = grid ; search neighboring grid cells</div><div>nstlist = 20 ; largely irrelevant with Verlet</div><div>rlist = 1.2</div><div>vdwtype = cutoff</div><div>vdw-modifier = force-switch</div><div>rvdw-switch = 1.0</div><div>rvdw = 1.2 ; short-range van der Waals cutoff (in nm)</div><div>; Electrostatics</div><div>coulombtype = PME ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics</div><div>rcoulomb = 1.2 ; short-range electrostatic cutoff (in nm)</div><div>pme_order = 4 ; cubic interpolation</div><div>fourierspacing = 0.16 ; grid spacing for FFT</div><div>; Temperature coupling</div><div>tcoupl = V-rescale ; modified Berendsen thermostat</div><div>tc-grps = Protein_NAD Water_and_ions ; two coupling groups - more accurate</div><div>tau_t = 0.1 0.1 ; time constant, in ps</div><div>ref_t = 300 300 ; reference temperature, one for each group, in K</div><div>; Pressure coupling</div><div>pcoupl = no ; no pressure coupling in NVT</div><div>; Periodic boundary conditions</div><div>pbc = xyz ; 3-D PBC</div><div>; Dispersion correction is not used for proteins with the C36 additive FF</div><div>DispCorr = no</div><div>; Velocity generation</div><div>gen_vel = yes ; assign velocities from Maxwell distribution</div><div>gen_temp = 300 ; temperature for Maxwell distribution</div><div>gen_seed = -1 ; generate a random seed</div><div> </div><div>Please let me know if i am doing something wrong. Thanks for your time.</div><div> </div><div>With kind regards,</div><div>Amit</div></div></div><div> </div><div>11.10.2019, 12:09, "Amit Jaiswal" &lt;amitjai20@yandex.com&gt;:</div><blockquote><div>Dear Jorden,</div><div> </div><div>Thanks for reply. I followed your suggestions and i got an error as follows:</div><div> </div><div><strong>Command line:</strong></div><div><strong>  gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -n index.ndx -o nvt.tpr</strong></div><div> </div><div><strong>Ignoring obsolete mdp entry 'title'</strong></div><div><strong>Setting the LD random seed to 1403244422</strong></div><div><strong>Generated 100032 of the 100128 non-bonded parameter combinations</strong></div><div><strong>Generating 1-4 interactions: fudge = 1</strong></div><div><strong>Generated 65937 of the 100128 1-4 parameter combinations</strong></div><div> </div><div><strong>ERROR 1 [file posre_zn.itp, line 5]:</strong></div><div><strong>  Atom index (2220) in position_restraints out of bounds (1-1).</strong></div><div><strong>  This probably means that you have inserted topology section</strong></div><div><strong>  "position_restraints"</strong></div><div><strong>  in a part belonging to a different molecule than you intended to.</strong></div><div><strong>  In that case move the "position_restraints" section to the right molecule.</strong></div><div> </div><div> </div><div><strong>-------------------------------------------------------</strong></div><div><strong>Program:    gmx grompp, version 2019.1</strong></div><div><strong>Source file: src/gromacs/gmxpreprocess/toppush.cpp (line 1818)</strong></div><div> </div><div><strong>Fatal error:</strong></div><div><strong>There was 1 error in input file(s)</strong></div><div> </div><div> </div><div>I guess there is something wrong with my topology file but i am unable to figure it out.</div><div>My topology file looks like this:</div><div> </div><div><div><strong>; Include Position restraint file</strong></div><div><strong>#ifdef POSRES</strong></div><div><strong>#include "posre.itp"</strong></div><div><strong>#endif</strong></div><div> </div><div><strong>; Include ligand topology</strong></div><div><strong>#include "nad.itp"</strong></div><div> </div><div><strong>; Ligand position restraints</strong></div><div><strong>#ifdef POSRES_LIG</strong></div><div><strong>#include "posre_nad.itp"</strong></div><div><strong>#endif</strong></div><div> </div><div><strong>; Include water topology</strong></div><div><strong>#include "./charmm36-mar2019.ff/tip3p.itp"</strong></div><div> </div><div><strong>#ifdef POSRES_WATER</strong></div><div><strong>; Position restraint for each water oxygen</strong></div><div><strong>[ position_restraints ]</strong></div><div><strong>; i funct fcx fcy fcz</strong></div><div><strong>1 1 1000 1000 1000</strong></div><div><strong>#endif</strong></div><div> </div><div><strong>; Include topology for ions</strong></div><div><strong>#include "./charmm36-mar2019.ff/ions.itp"</strong></div><div><strong>#ifdef POSRES</strong></div><div><strong>#include "posre_zn.itp"</strong></div><div><strong>#endif</strong></div><div> </div><div><strong>[ system ]</strong></div><div><strong>; Name</strong></div><div><strong>Protein in water</strong></div><div> </div><div><strong>[ molecules ]</strong></div><div><strong>; Compound #mols</strong></div><div><strong>Protein_chain_A 1</strong></div><div><strong>ZN 1</strong></div><div><strong>NAD 1</strong></div><div><strong>SOL 12908</strong></div><div><strong>NA 4</strong></div><div> </div><div>Would you please let me know my mistake. Thanks for your time.</div><div> </div><div>With kind regards,</div><div>Amit</div></div><div> </div><div> </div><div>10.10.2019, 15:41, "Jorden Cabal" &lt;<a href="mailto:jordencabal@gmail.com">jordencabal@gmail.com</a>&gt;:</div><div>&gt; Hi Amit,</div><div>&gt; The metal ion needs to be treated very very carefully so as to maintain</div><div>&gt; their co-ordination state with the nearby atoms of protein.</div><div>&gt; To do this, one needs to generate the parameter separately for the complex</div><div>&gt; formed by the metal ion with the protein residues because due to presence</div><div>&gt; of metal ion in the vicinity, the residues nearby will have different</div><div>&gt; parameters than other proteins especially the charge distribution. One</div><div>&gt; method of incorporating this model is to model the metal ion as a</div><div>&gt; dummy-particle metal ion complex model where the dummy particles carry some</div><div>&gt; partial charge and the whole complex represent the co-ordination state of</div><div>&gt; that particular atom.</div><div>&gt; I would suggest you to go through this paper</div><div>&gt; <a href="https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/jp501737x">https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/jp501737x</a></div><div>&gt;</div><div>&gt; In case, you do not want to go in that much detailed modeling of metal ion</div><div>&gt; for your system, which I think is very important to study metalloproteins,</div><div>&gt; another very simple method of solving the problem you are facing is to</div><div>&gt; treat metal ions as single sphere as you are treating in your system. To</div><div>&gt; avoid its displacement from its location, you need to apply some distance</div><div>&gt; restraints which is very easy to apply in Gromacs.</div><div>&gt; You can create the distance restraint using "*genrestr*" command. Please</div><div>&gt; note that applying any kind of restraint will definitely add some bias to</div><div>&gt; your simulation.</div><div>&gt; Thank you</div><div>&gt;</div><div>&gt; On Thu, Oct 10, 2019 at 1:05 PM Amit Jaiswal &lt;<a href="mailto:amitjai20@yandex.com">amitjai20@yandex.com</a>&gt; wrote:</div><div>&gt;</div><div>&gt;&gt;  Hello Everyone,</div><div>&gt;&gt;</div><div>&gt;&gt;  Would you please let me know what should we do when the zinc ion gets</div><div>&gt;&gt;  displaced during simulation of a Protein-Zn-Ligand complex? What are the</div><div>&gt;&gt;  possible options one can perform under such conditions? If possible, please</div><div>&gt;&gt;  mention the steps needed to be performed briefly as i am new to GROMACS.</div><div>&gt;&gt;  Your suggestions will help me a lot and thanks in advance.</div><div>&gt;&gt;</div><div>&gt;&gt;  With kind regards,</div><div>&gt;&gt;  Amit</div><div>&gt;&gt;  --</div><div>&gt;&gt;  Gromacs Users mailing list</div><div>&gt;&gt;</div><div>&gt;&gt;  * Please search the archive at</div><div>&gt;&gt;  <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List</a> before</div><div>&gt;&gt;  posting!</div><div>&gt;&gt;</div><div>&gt;&gt;  * Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a></div><div>&gt;&gt;</div><div>&gt;&gt;  * For (un)subscribe requests visit</div><div>&gt;&gt;  <a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users</a> or</div><div>&gt;&gt;  send a mail to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.</div><div>&gt; --</div><div>&gt; Gromacs Users mailing list</div><div>&gt;</div><div>&gt; * Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List</a> before posting!</div><div>&gt;</div><div>&gt; * Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a></div><div>&gt;</div><div>&gt; * For (un)subscribe requests visit</div><div>&gt; <a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.</div><div> </div><div> <div> </div></div>,--<br />Gromacs Users mailing list<p><br />* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List</a> before posting!<br /><br />* Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br /><br />* For (un)subscribe requests visit<br /><a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.</p></blockquote><div> </div><div> </div><div> <div> </div></div>