<div><div>Dear  Jorden,</div><div> </div><div>Many thanks for your suggestions. I solved the index file problem as I created two groups namely Protein_Zn_NAD and the other being Na_Water. But when i ran NVT equilibration, the Zn ion again got displaced far away from its original position. I cannot figure out how can i constrain the Zn ion? I guess something is wrong in the topology file. I have included the last few lines of my topology file. Please have a look whenever you are free and correct me if something is mistakenly wrong. Thanks for your time and help.</div><div> </div><div><div> </div><div><strong>; Include Position restraint file</strong></div><div><strong>#ifdef POSRES</strong></div><div><strong>#include "posre.itp"</strong></div><div><strong>#endif</strong></div><div> </div><div><strong>; Include Position restraint file</strong></div><div><strong>#ifdef POSRES</strong></div><div><strong>#include "posre_zn.itp"</strong></div><div><strong>#endif</strong></div><div> </div><div><strong>; Include ligand topology</strong></div><div><strong>#include "nad.itp"</strong></div><div> </div><div><strong>; Ligand position restraints</strong></div><div><strong>#ifdef POSRES_LIG</strong></div><div><strong>#include "posre_nad.itp"</strong></div><div><strong>#endif</strong></div><div> </div><div><strong>; Include water topology</strong></div><div><strong>#include "./charmm36-mar2019.ff/tip3p.itp"</strong></div><div> </div><div><strong>#ifdef POSRES_WATER</strong></div><div><strong>; Position restraint for each water oxygen</strong></div><div><strong>[ position_restraints ]</strong></div><div><strong>; i funct fcx fcy fcz</strong></div><div><strong>1 1 1000 1000 1000</strong></div><div><strong>#endif</strong></div><div> </div><div><strong>; Include topology for ions</strong></div><div><strong>#include "./charmm36-mar2019.ff/ions.itp"</strong></div><div> </div><div> </div><div><strong>[ system ]</strong></div><div><strong>; Name</strong></div><div><strong>Protein in water</strong></div><div> </div><div><strong>[ molecules ]</strong></div><div><strong>; Compound #mols</strong></div><div><strong>Protein_chain_A 1</strong></div><div><strong>ZN 1</strong></div><div><strong>NAD 1</strong></div><div><strong>SOL 12908</strong></div><div><strong>NA 4</strong></div></div><div> </div><div>With kind regards,</div><div>Amit</div></div><div> </div><div>11.10.2019, 18:10, "Jorden Cabal" &lt;jordencabal@gmail.com&gt;:</div><blockquote><p>Dear Amit,<br />Please check if the Zn ion is included in both the groups declared for<br />temperature coupling. If you notice that it is is included, you can simply<br />create a group of all the atoms which is not in "Protein_NAD" group. You<br />can do this by using "!group_number" as far as I remember. Then try this,<br />it should work. Please mail if the problem persists.<br />Thank you and all the best.</p>--<br />Gromacs Users mailing list<p><br />* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List</a> before posting!<br /><br />* Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br /><br />* For (un)subscribe requests visit<br /><a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.</p></blockquote><div> </div><div> </div><div> </div>