<div>Dear Jorden,</div><div> </div><div>Many thanks for your reply. I have mentioned the files below for you to have a look. Once again thanks for your time.</div><div> </div><div><strong>NVT.mdp:</strong></div><div><div>title = Protein-ligand complex NVT equilibration</div><div>define = -DPOSRES -DPOSRES_LIG ; position restrain the protein and ligand</div><div>; Run parameters</div><div>integrator = md ; leap-frog integrator</div><div>nsteps = 30000 ; 2 * 50000 = 100 ps</div><div>dt = 0.002 ; 2 fs</div><div>; Output control</div><div>nstenergy = 500 ; save energies every 1.0 ps</div><div>nstlog = 500 ; update log file every 1.0 ps #include</div><div>nstxout-compressed = 500 ; save coordinates every 1.0 ps</div><div>; Bond parameters</div><div>continuation = no ; first dynamics run</div><div>constraint_algorithm = lincs ; holonomic constraints</div><div>constraints = h-bonds ; bonds to H are constrained</div><div>lincs_iter = 1 ; accuracy of LINCS</div><div>lincs_order = 4 ; also related to accuracy</div><div>; Neighbor searching and vdW</div><div>cutoff-scheme = Verlet</div><div>ns_type = grid ; search neighboring grid cells</div><div>nstlist = 20 ; largely irrelevant with Verlet</div><div>rlist = 1.2</div><div>vdwtype = cutoff</div><div>vdw-modifier = force-switch</div><div>rvdw-switch = 1.0</div><div>rvdw = 1.2 ; short-range van der Waals cutoff (in nm)</div><div>; Electrostatics</div><div>coulombtype = PME ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics</div><div>rcoulomb = 1.2 ; short-range electrostatic cutoff (in nm)</div><div>pme_order = 4 ; cubic interpolation</div><div>fourierspacing = 0.16 ; grid spacing for FFT</div><div>; Temperature coupling</div><div>tcoupl = V-rescale ; modified Berendsen thermostat</div><div>tc-grps = Protein_NAD Water_and_ions ; two coupling groups - more accurate</div><div>tau_t = 0.1 0.1 ; time constant, in ps</div><div>ref_t = 300 300 ; reference temperature, one for each group, in K</div><div>; Pressure coupling</div><div>pcoupl = no ; no pressure coupling in NVT</div><div>; Periodic boundary conditions</div><div>pbc = xyz ; 3-D PBC</div><div>; Dispersion correction is not used for proteins with the C36 additive FF</div><div>DispCorr = no</div><div>; Velocity generation</div><div>gen_vel = yes ; assign velocities from Maxwell distribution</div><div>gen_temp = 300 ; temperature for Maxwell distribution</div><div>gen_seed = -1 ; generate a random seed</div></div><div> </div><div><strong>posre_zn.itp</strong>:</div><div><div>; position restraints for ZN of Gromacs Runs One Microsecond At Cannonball Speeds</div><div> </div><div>[ position_restraints ]</div><div>; i funct fcx fcy fcz</div><div>2220 1 1000 1000 1000</div><div> </div><div><strong>posre_nad.itp</strong>:</div><div><div>; position restraints for System_H* of GRowing Old MAkes el Chrono Sweat</div><div> </div><div>[ position_restraints ]</div><div>; i funct fcx fcy fcz</div><div>1 1 1000 1000 1000</div><div>2 1 1000 1000 1000</div><div>3 1 1000 1000 1000</div><div>4 1 1000 1000 1000</div><div>5 1 1000 1000 1000</div><div>6 1 1000 1000 1000</div><div>7 1 1000 1000 1000</div><div>8 1 1000 1000 1000</div><div>9 1 1000 1000 1000</div><div>10 1 1000 1000 1000</div><div>11 1 1000 1000 1000</div><div>12 1 1000 1000 1000</div><div>13 1 1000 1000 1000</div><div>14 1 1000 1000 1000</div><div>15 1 1000 1000 1000</div><div>16 1 1000 1000 1000</div><div>17 1 1000 1000 1000</div><div>18 1 1000 1000 1000</div><div>19 1 1000 1000 1000</div><div>20 1 1000 1000 1000</div><div>21 1 1000 1000 1000</div><div>22 1 1000 1000 1000</div><div>23 1 1000 1000 1000</div><div>24 1 1000 1000 1000</div><div>25 1 1000 1000 1000</div><div>26 1 1000 1000 1000</div><div>27 1 1000 1000 1000</div><div>28 1 1000 1000 1000</div><div>29 1 1000 1000 1000</div><div>30 1 1000 1000 1000</div><div>31 1 1000 1000 1000</div><div>32 1 1000 1000 1000</div><div>33 1 1000 1000 1000</div><div>34 1 1000 1000 1000</div><div>35 1 1000 1000 1000</div><div>36 1 1000 1000 1000</div><div>37 1 1000 1000 1000</div><div>38 1 1000 1000 1000</div><div>39 1 1000 1000 1000</div><div>40 1 1000 1000 1000</div><div>41 1 1000 1000 1000</div><div>42 1 1000 1000 1000</div><div>43 1 1000 1000 1000</div><div>44 1 1000 1000 1000</div><div>45 1 1000 1000 1000</div><div>46 1 1000 1000 1000</div><div>47 1 1000 1000 1000</div><div>48 1 1000 1000 1000</div><div>49 1 1000 1000 1000</div><div>50 1 1000 1000 1000</div><div>51 1 1000 1000 1000</div><div>52 1 1000 1000 1000</div><div>53 1 1000 1000 1000</div><div>54 1 1000 1000 1000</div><div>55 1 1000 1000 1000</div><div>56 1 1000 1000 1000</div><div>57 1 1000 1000 1000</div><div>58 1 1000 1000 1000</div><div>59 1 1000 1000 1000</div><div>60 1 1000 1000 1000</div><div>61 1 1000 1000 1000</div><div>62 1 1000 1000 1000</div><div>63 1 1000 1000 1000</div><div>64 1 1000 1000 1000</div><div>65 1 1000 1000 1000</div><div>66 1 1000 1000 1000</div><div>67 1 1000 1000 1000</div><div>68 1 1000 1000 1000</div><div>69 1 1000 1000 1000</div><div>70 1 1000 1000 1000</div><div> </div><div> </div></div><div> </div></div><div>Regards,</div><div>Amit</div><div> </div><div> </div><div>15.10.2019, 09:54, "Jorden Cabal" &lt;jordencabal@gmail.com&gt;:</div><blockquote><p>Dear Amit,<br />During equilibration you add positional restraint for protein, notice that<br />you have added positional restraint for Zn ion, nad and protein. It should<br />not happen if you have taken the default values while generating the<br />positional restraints in gromacs. However I would like to look to your<br />"nvt.mdp", "posre_zn.itp" and "posre_nad.itp" files, in order to comment<br />on it.<br /><br />Thank you<br /><br />On Sat, Oct 12, 2019 at 1:50 PM Amit Jaiswal &lt;<a href="mailto:amitjai20@yandex.com">amitjai20@yandex.com</a>&gt; wrote:<br /> </p><blockquote> Dear Jorden,<br /><br /> Many thanks for your suggestions. I solved the index file problem as I<br /> created two groups namely Protein_Zn_NAD and the other being Na_Water. But<br /> when i ran NVT equilibration, the Zn ion again got displaced far away from<br /> its original position. I cannot figure out how can i constrain the Zn ion?<br /> I guess something is wrong in the topology file. I have included the last<br /> few lines of my topology file. Please have a look whenever you are free and<br /> correct me if something is mistakenly wrong. Thanks for your time and help.<br /><br /><br /> *; Include Position restraint file*<br /> *#ifdef POSRES*<br /> *#include "posre.itp"*<br /> *#endif*<br /><br /> *; Include Position restraint file*<br /> *#ifdef POSRES*<br /> *#include "posre_zn.itp"*<br /> *#endif*<br /><br /> *; Include ligand topology*<br /> *#include "nad.itp"*<br /><br /> *; Ligand position restraints*<br /> *#ifdef POSRES_LIG*<br /> *#include "posre_nad.itp"*<br /> *#endif*<br /><br /> *; Include water topology*<br /> *#include "./charmm36-mar2019.ff/tip3p.itp"*<br /><br /> *#ifdef POSRES_WATER*<br /> *; Position restraint for each water oxygen*<br /> *[ position_restraints ]*<br /> *; i funct fcx fcy fcz*<br /> *1 1 1000 1000 1000*<br /> *#endif*<br /><br /> *; Include topology for ions*<br /> *#include "./charmm36-mar2019.ff/ions.itp"*<br /><br /><br /> *[ system ]*<br /> *; Name*<br /> *Protein in water*<br /><br /> *[ molecules ]*<br /> *; Compound #mols*<br /> *Protein_chain_A 1*<br /> *ZN 1*<br /> *NAD 1*<br /> *SOL 12908*<br /> *NA 4*<br /><br /> With kind regards,<br /> Amit<br /><br /> 11.10.2019, 18:10, "Jorden Cabal" &lt;<a href="mailto:jordencabal@gmail.com">jordencabal@gmail.com</a>&gt;:<br /><br /> Dear Amit,<br /> Please check if the Zn ion is included in both the groups declared for<br /> temperature coupling. If you notice that it is is included, you can simply<br /> create a group of all the atoms which is not in "Protein_NAD" group. You<br /> can do this by using "!group_number" as far as I remember. Then try this,<br /> it should work. Please mail if the problem persists.<br /> Thank you and all the best.<br /> --<br /> Gromacs Users mailing list<br /><br /><br /> * Please search the archive at<br /> <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List</a> before<br /> posting!<br /><br /> * Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br /><br /> * For (un)subscribe requests visit<br /> <a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users</a> or<br /> send a mail to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br /><br /><br /><br /><br /> --<br /> Gromacs Users mailing list<br /><br /> * Please search the archive at<br /> <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List</a> before<br /> posting!<br /><br /> * Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br /><br /> * For (un)subscribe requests visit<br /> <a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users</a> or<br /> send a mail to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.</blockquote>--<br />Gromacs Users mailing list<p><br />* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List</a> before posting!<br /><br />* Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br /><br />* For (un)subscribe requests visit<br /><a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.</p></blockquote><div> <div> </div></div>