<div>Dear Jorden,</div><div> </div><div>Thanks for your reply. As you have suggested, i found there is a mismatch of the atom number in the zn.itp file and the .gro file. I have included few residues of .gro file for your convenience.  </div><div> </div><div>What i understand is that I have to rename the zn.itp file with residue no. 4265 and not 2220. Please correct me if I am wrong.</div><div> </div><div>And also you suggested me to "minimize the system very carefully". What do you mean by this? Should i use lesser minimisation steps ?</div><div> </div><div>Thanks for your time and efforts.</div><div> </div><div>With kind regards,</div><div>Amit</div><div> </div><div><div>391THR HG22 4260 4.897 5.356 3.136</div><div>391THR HG23 4261 4.889 5.247 2.993</div><div>391THR C 4262 4.600 5.071 3.244</div><div>391THR OT1 4263 4.599 5.012 3.355</div><div>391THR OT2 4264 4.496 5.082 3.173</div><div>392ZN ZN 4265 7.278 6.612 5.838</div><div>393NAD PA 4266 6.217 7.359 2.802</div><div>393NAD O1A 4267 6.090 7.410 2.863</div><div>393NAD O2A 4268 6.337 7.451 2.808</div><div>393NAD O5B 4269 6.185 7.331 2.647</div><div>393NAD C5B 4270 6.082 7.233 2.620</div><div> </div><div> </div></div><div> </div><div>19.10.2019, 21:53, "Jorden Cabal" &lt;jordencabal@gmail.com&gt;:</div><blockquote><p>Dear Amit,<br />Your files look correct to me. If "2220" atom in your coordinate file is<br />the "Zn" atom, it should not be displaced because, from your mdp file and<br />topology setting you have restrained all the heavy atoms of Protein, Nad<br />and Zn. I don't understand why it is happening. Even the restraining force<br />you are taking is good enough.<br />I suggest you to check if the atom number 2220 in the co-ordinate file<br />(.gro file) is Zn atom or not? If it is not then you have wrongly selected<br />atom number for restraining. Also, if you are following the standard<br />tutorial for energy minimization which do not restrain any atom, I suggest<br />you to check the position of Zn atom in structure you get after energy<br />minimization. If the location of Zn ion is changed during the EM, then you<br />will need to minimize the system very carefully.<br />Hope this will fix your issue.<br />Thank you</p>--<br />Gromacs Users mailing list<p><br />* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List</a> before posting!<br /><br />* Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br /><br />* For (un)subscribe requests visit<br /><a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.</p></blockquote><div> </div><div> </div><div> </div>