<div>Dear Jorden,</div><div><br />I tried the simulation by changing the residue number in .itp file but it still goes out of the box during NVT. As Justin mentioned that the naming of the residue is irrelevant, so I guess either I am doing some minor mistake in topology naming. So, I have included the order of topology file below. Please Have a look and let me know if there is something wrong. I have no idea why Zn ion is so hard to restrain. Thanks for your time.</div><div> </div><div><div><strong>; Include Position restraint file</strong></div><div><strong>#ifdef POSRES</strong></div><div><strong>#include "posre.itp"</strong></div><div><strong>#endif</strong></div><div> </div><div><strong>; Include ZN position restraints</strong></div><div><strong>#ifdef POSRES_ZN</strong></div><div><strong>#include "posre_zn.itp"</strong></div><div><strong>#endif</strong></div><div> </div><div><strong>; Include ligand topology</strong></div><div><strong>#include "nad.itp"</strong></div><div> </div><div><strong>; Ligand position restraints</strong></div><div><strong>#ifdef POSRES_LIG</strong></div><div><strong>#include "posre_nad.itp"</strong></div><div><strong>#endif</strong></div><div> </div><div><strong>; Include water topology</strong></div><div><strong>#include "./charmm36-mar2019.ff/tip3p.itp"</strong></div><div> </div><div><strong>#ifdef POSRES_WATER</strong></div><div><strong>; Position restraint for each water oxygen</strong></div><div><strong>[ position_restraints ]</strong></div><div><strong>; i funct fcx fcy fcz</strong></div><div><strong>1 1 1000 1000 1000</strong></div><div><strong>#endif</strong></div><div> </div><div><strong>; Include topology for ions</strong></div><div><strong>#include "./charmm36-mar2019.ff/ions.itp"</strong></div><div> </div><div> </div><div><strong>[ system ]</strong></div><div><strong>; Name</strong></div><div><strong>Protein in water</strong></div><div> </div><div><strong>[ molecules ]</strong></div><div><strong>; Compound #mols</strong></div><div><strong>Protein_chain_A 1</strong></div><div><strong>ZN 1</strong></div><div><strong>NAD 1</strong></div><div><strong>SOL 12908</strong></div><div><strong>NA 4</strong></div><div> </div></div><div>Regards,</div><div>Amit</div><div> </div><div> </div><div>23.10.2019, 20:41, "Justin Lemkul" &lt;jalemkul@vt.edu&gt;:</div><blockquote><p><br /><br />On 10/22/19 12:04 AM, Amit Jaiswal wrote:</p><blockquote> Dear Jorden,<br /> Thanks for your reply. As you have suggested, i found there is a<br /> mismatch of the atom number in the zn.itp file and the .gro file. I<br /> have included few residues of .gro file for your convenience.<br /> What i understand is that I have to rename the zn.itp file with<br /> residue no. 4265 and not 2220. Please correct me if I am wrong.</blockquote><p><br />The global atom number is irrelevant in defining position restraints<br />(and will actually trigger a warning in your case). If Zn is defined as<br />a separate [moleculetype] in its own .itp file, the only valid atom<br />number for position restraints is 1. See<br /><a href="http://manual.gromacs.org/current/user-guide/run-time-errors.html#atom-index-n-in-position-restraints-out-of-bounds">http://manual.gromacs.org/current/user-guide/run-time-errors.html#atom-index-n-in-position-restraints-out-of-bounds</a><br /><br />-Justin<br /> </p><blockquote> And also you suggested me to "minimize the system very carefully".<br /> What do you mean by this? Should i use lesser minimisation steps ?<br /> Thanks for your time and efforts.<br /> With kind regards,<br /> Amit<br /> 391THR HG22 4260 4.897 5.356 3.136<br /> 391THR HG23 4261 4.889 5.247 2.993<br /> 391THR C 4262 4.600 5.071 3.244<br /> 391THR OT1 4263 4.599 5.012 3.355<br /> 391THR OT2 4264 4.496 5.082 3.173<br /> 392ZN ZN 4265 7.278 6.612 5.838<br /> 393NAD PA 4266 6.217 7.359 2.802<br /> 393NAD O1A 4267 6.090 7.410 2.863<br /> 393NAD O2A 4268 6.337 7.451 2.808<br /> 393NAD O5B 4269 6.185 7.331 2.647<br /> 393NAD C5B 4270 6.082 7.233 2.620<br /> 19.10.2019, 21:53, "Jorden Cabal" &lt;<a href="mailto:jordencabal@gmail.com">jordencabal@gmail.com</a>&gt;:<br /><br />     Dear Amit,<br />     Your files look correct to me. If "2220" atom in your coordinate<br />     file is<br />     the "Zn" atom, it should not be displaced because, from your mdp<br />     file and<br />     topology setting you have restrained all the heavy atoms of<br />     Protein, Nad<br />     and Zn. I don't understand why it is happening. Even the<br />     restraining force<br />     you are taking is good enough.<br />     I suggest you to check if the atom number 2220 in the co-ordinate file<br />     (.gro file) is Zn atom or not? If it is not then you have wrongly<br />     selected<br />     atom number for restraining. Also, if you are following the standard<br />     tutorial for energy minimization which do not restrain any atom, I<br />     suggest<br />     you to check the position of Zn atom in structure you get after energy<br />     minimization. If the location of Zn ion is changed during the EM,<br />     then you<br />     will need to minimize the system very carefully.<br />     Hope this will fix your issue.<br />     Thank you<br /><br />     --<br />     Gromacs Users mailing list<br /><br /><br />     * Please search the archive at<br />     <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List</a> before<br />     posting!<br /><br />     * Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br /><br />     * For (un)subscribe requests visit<br />     <a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users</a><br />     or send a mail to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br />     &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br /><br /> </blockquote><p> </p>--<br />==================================================<p><br />Justin A. Lemkul, Ph.D.<br />Assistant Professor<br />Office: 301 Fralin Hall<br />Lab: 303 Engel Hall<br /><br />Virginia Tech Department of Biochemistry<br />340 West Campus Dr.<br />Blacksburg, VA 24061<br /><br /><a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a> | (540) 231-3129<br /><a href="http://www.thelemkullab.com/">http://www.thelemkullab.com</a><br /><br />==================================================<br /> </p>--<br />Gromacs Users mailing list<p><br />* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-Users_List</a> before posting!<br /><br />* Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br /><br />* For (un)subscribe requests visit<br /><a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-users</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.</p></blockquote><div> </div><div> </div><div> </div>